Pfam

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~lohmatikov/t2_files/pfam.html
Дата изменения: Sat May 21 22:50:12 2005
Дата индексирования: Tue Oct 2 12:07:41 2012
Кодировка: Windows-1251

Pfam На главную страницу второго семестра

Описание доменной структуры белка FHUA_ECOLI

В белке имеется 2 домена — N-концевой домен Plug (обозначен зеленым цветом) и C-концевой домен TonB dependent receptor обозначен красным цветом). Также в последовательности есть 4 области низкой сложности и 4 домена из PfamB.

Идентификатор Pfam Сокращенное название Полное название на русском языке Положение домена в последовательности (номера а.о.)

PF07715 Plug Plug домен ТонБ-зависимого рецептора 75–181

PF00593 TonB_dep_Rec ТонБ зависимый рецептор 510–747

На рисунке изображена трехмерная структура белка FHUA_ECOLI, взятая со страницы базы данных Pfam.
1) Зеленым изображен домен Plug;
2) Красным изображен домен TonB dependent receptor.
β-тяжи, присутствующие в структуре, обозначены стрелками.
В шарнирной модели показаны лиганд и 8 молекул соединения OES, примыкающих к боковой поверхности белка. Ион железа — в шариковой модели.
Идентификатор PDB — 1by5.

Описание семейства доменов, к которому относится домен Plug

Показано, что домен Plug — независимо сворачивающаяся субъединица ТонБ-зависимых рецепторов. Он действует как ворота канала, блокируя отверстие до тех пор, пока канал не свяжет лиганд. Как только это происходит, он подвергается конформационным изменениям и открывает канал.

Встречаемость белков с доменом Plug в различных таксонах

Таксон		Количество белков с доменом PF07715
Эукариоты	Растения	0
	Грибы	0
	Животные	1
Бактерии		1412
Археи		0

Анализ основных типов доменной архитектуры белков, содержащих домен Plug

По данным документа из базы данных Pfam можно установить:

Всего известно 1641 белков с доменами Plug.
В подавляющем большинстве случаев (1420) домен Plug встречается в белках в сочетании только с доменом TonB_dep_Rec — C-концевым доменом белка FHUA_ECOLI.
В 61 белке домен Plug является единственным.
Встречаются случаи сочетания этого домена с некоторыми другими (чаще всего — с STN, PT).
Случаи дупликации домена Plug не известны.
Cлучаи перестановки домена Plug с другим доменом из PfamA не описаны.

На главную страницу второго семестра

Идентификатор Pfam	Сокращенное название	Полное название на русском языке	Положение домена в последовательности (номера а.о.)
PF07715	Plug	Plug домен ТонБ-зависимого рецептора	75–181
PF00593	TonB_dep_Rec	ТонБ зависимый рецептор	510–747