α-спираль номер 14 и β-тяжи номер 7 и 8

Для анализирования я выбрала α-спираль 14 (281-305 аминокислотные остатки цепи А); 7-й и 8-й β-тяжи (169-173; 196-200 аминокислотные остатки цепи А).

Изображением остовной структуры всей цепи с наложенным на нее изображением данных элементов вторичной структуры в ленточной (cartoons) модели и раскраской (α-спираль красным, β-тяжи желтым цветом)

Среднее значение, а также максимальное и минимальное значения торсионных углов φ и ψ в пределах данной спирали и данной пары тяжей
Элементы вторичной структуры	Среднее значение		Максимальное значение		Минимальное значение
	φ	ψ	φ	ψ	φ	ψ
α-спираль	-63,396	-31,56	-51,4	148,7	-74,8	-55,3
β-тяжи	-103,77	137,2	-66,2	168,6	-150,2	101,5

Вычисления и формулы здесь

Изображение паттерна водородных связей между остовными атомами элемента вторичных структур:

Bодородная связь наблюдается между остовными атомами кислорода и азота. При просмотре водородных связей для α-спирали видно, что водородные связи между атомами остатков, чьи номера идут с интервалом в 4. Из β-тяжей водородными связями соединены остовные атомы кислорода и азота, которые развернуты к противоположному тяжу, а у тяжа 8 водородные связи еще и между атомами кислорода и азота соседних аминокислотных остатков.

Контакты спирали с остальной частью молекулы неравномерно распределены в пространстве, тогда как контакты тяжей более или менее равномерно.

Контакты α-спирали 14 с остальной частью белка из записи PDB 1DFO

Контакты β-тяжей 7 и 8 с остальной частью белка из записи PDB 1DFO

Ниже приведены описания некоторых из этих контактов:

Контакты α-спирали 281-305 с остальной частью цепи А белка из записи PDB 1DFO
Имя атома остатка спирали	Имя контактирующего атома	Расстояние в Å	Предположительная природа контакта
Glu300A.OE1	Lys380A.NZ	3.66	Электоро-статическое взаимодействие
Glu281A.N	Glu278A.O	3,147	Водородная связь
Phe302A.CD2	Tyr307A.CG	4,196	Гидрофобное взаимодействие
Met298A.CB	Phe319A.CE1	5,383	Гидрофобное взаимодействие

Контакты β-тяжей 169-173, 196-200 с остальной частью цепи А белка из записи PDB 1DFO
Имя атома остатка спирали	Имя контактирующего атома	Расстояние в Å	Предположительная природа контакта
Ile171.N	Leu117.O	2,769	Водородная связь
Leu197A.O	His221A.N	2,913	Водородная связь
Phe198A.CD	Val223A.CA	4,711	Гидрофобное взаимодействие
Met169A.CE	Val105A.CG	3,895	Гидрофобное взаимодействие

<Первый семестр

<<Главная странца