Protocol 2

ПРОТОКОЛ.
1.Все три вида записи содержат одну и ту же информацию. Эти виды отличаются оформлением. Во- первых разница состоит в цвете. MRS бело-синий, SRS бело-зеленая, EXPASY сине-желтая. Во всех видах информация разделена на блоки:
Entry information
Name and origin of the protein
References
Comments
Copyright
Cross-references
Features
Sequence information
В них тоже есть разница в оформлении, но не существенная.
В последнем разделе Sequence information дана последовательность белка в формате fasta.
>swissprot|P06983|HEM3_ECOLI Porphobilinogen deaminase (EC 2.5.1.61) (PBG) (Hydroxymethylbilane synthase) (HMBS) (Pre-uroporphyrinogen synthase)....
MLDNVLRIATRQSPLALWQAHYVKDKLMASHPGLVVELVPMVTRGDVILDTPLAGKG
LFVKELEVALLENRADIAVHSMKDVPVEFPQGLGLVTICEREDPRDAFVSNNYDSLLP
AGSIVGTSSLRRQCQLAERRPDLIIRSLRGNVGTRLSKLDNGEYDAIILAVAGLKRLGLE
SRIRAALPPEISLPAVGQGAVGIECRLDDSRTRELLAALNHHETALRVTAERAMNTRLG
GCQVPIGSYAELIDGEIWLRALVGAPDGSQIIRGERRGAPQDAEQMGISLAEELLNNAR
EILAEVYNGDAPA
Последовательность белка на всех сайтах одинакова.
2. 1.Названия таксонов ,начинающихся на "gam": 
gambusia 
gammaherpesvirinae 
gammapapillomavirus 
gammaproteobacteria(гамма-протеобактерия) - всего 69659 записи 
gammaretrovirus 
gammaridea 
2.Gammaproteobacteria - английский эквивалент эквивалент "гамма-протеобактерии" .

3.Всего 70148 записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий. 


 

Формулировка функции белка
	Строка запроса
	
Количество найденных документов

Tetrapolymerization of the monopyrrole
((((([swissprot-Comment:Tetrapolymerization*] &  [swissprot-Comment:of*]) & [swissprot-Comment:the*]) &  [swissprot-Comment:monopyrrole*]) |  [swissprot-Comment:Tetrapolymerization of the monopyrrole*] ) >  parent )
	303
 


Из запроса первые 5 последовательностей в формате fasta:

>swissprot|Q82E76|HEM31_STRAW Porphobilinogen deaminase 1 (EC 2.5.1.61) 
MSEQALRLGTRRSKLAMAQSGQVADAVRQVTGRPVELVEITTYGDTSREHLAQIGGVF
VTALRDALLRGEVDFAVHSLKDLPTAQPDELALAAVPVREDPRDVLVARDGLTFEELG
APSPKGTARVGTGSPRRMAQLNAYARSHGLAVETVPIRGNVDSRIGYVRSGELDGVVL
AAAGLHRIGRIDEVTEFLPVDTVLPAPGQGALAIECAADNADLIAALAELDDPFTRAA
VTAERSLLAALEAGCSAPVGALADLLADGQIVTEMRLRGVVGTTDGSTLVQLSTTGPV
PETHDQAMALGRELAAEMLAKGAAGLMGEREH

>swissprot|Q9WX16|HEM31_STRCO Porphobilinogen deaminase 1 (EC 2.5.1.61) 
MTEKALRLGTRRSKLAMAQSGQVADAVSQVTGRPVELVEITTYGDTSREHLAQIGGTG
VFVAALRDALLRGEVDFAVHSLKDLPTAQHEGLVVAAIPEREDPRDVVVARDARKLTD
LPRGARVGTGAPRRMAQLNAYARTHGMEIETVPIRGNVDTRIGYVRSGELDAVVLAAA
GLNRVGRIDEVTDFLSVDTVLPAPGQGALAVECAADNASLIAALAELDDPFTRAAVTA
ERSLLAALEAGCSAPVGALADLLADGQTVKEMRLRGVVGTTDGSTLVQLSTTGPVPET
HEAALALGGELAAEMLAQGAAGLMGERAQ


>swissprot|Q82P95|HEM32_STRAW Porphobilinogen deaminase 2 (EC 2.5.1.61) 
MSGMSALELIRIVSRDSPMALAQVARVRAELAALHPRTRTEVVAVKTTGDKWMGDLSK
VDGKGAFTKEVDAALLAGEADLAVHCVKDVPADRPLPAGTMFAAFLKRDDIRDALVHP
GGLTLDELPPGTRIGTSSVRRVAQLAAAYPHLECVPFRGNANRRLEKLAAGEADALLL
AVSGLERIGREDVITEVLEPETMMPPIGAGILALQCREGDTGLIETISELGDPGTHRE
ATAERMFLHVLQGHCNSPIAGYARTERNGELSLRASVFTLDGKTVLNAHEWAGRLDPA
TLGTSVAVALLRQGARELIDDIPH


>swissprot|Q9KY00|HEM32_STRCO Porphobilinogen deaminase 2 (EC 2.5.1.61) 
MRMSAPELIRIVSRDSPMALAQVERVRAELAALHPGVRTEVVPVRTTGDKWLGDLSQV
EGKGAFTKEVDAALLSGEADLAVHCVKDVPADRPLPAGTVFAAFLKRDDVRDALVHPD
GLTLDELPDGTRVGTSSVRRVAQLAATHPHLRCVPFRGNANRRLAKLAAGEADALLLA
VSGLERIGRTDVISEVLSTETMMPPIGAGILALQCREGDRALIEAVSALGDPRTHREA
TAERMFLHVLQGHCNSPIAGHAQVDRSGELSLRACVFTPDGKVRLNAHEWAGRLDPAT
LGTSVAVALLRQGAREIIDGIAH

>swissprot|Q6FFA9|HEM3_ACIAD Porphobilinogen deaminase (EC 2.5.1.61) 
MISILMQTLKIATRQSPLALWQAEHIRDRLQALYPELKVELVKFVTQGDKILDTPLAK
IGGKGLFVKELEAALLDGRADLAVHSMKDVPMHLPEGLSLAVICEREDPLDAFVSNHV
MSFDQLPLGARVGTSSLRRKCQILKQRPDLEIIDLRGNVGTRLAKLDDGQYDAIVLAS
AGLKRLGLISRIRHSINAEISLPAVGQGALGLECRANDKKILDLIAPLAHQPTSACVR
AERAFNAYLEGGCQVPIAGFATLTQECLTLEGRVGSVDGKTLLKDHVEGHADQAEVLG
VQLAKQLLAQGAGELLRDLYQ