Отчет по работе с БД Pfam

Доменная структура белка GABT_ECLOI, по pdb 1sff

Схематичное изображение доменной структуры. Белок GABT_ECOLI имеет один домен

вид снизу

главный вид

вид справа

•   Аминотрансферазы делят с другими пиридоксальфосфат-зависимыми ферментами такое качество, как ковалентное прикрепление пиридоксальфосфата к лизину. Основываясь на сходности последовательностей эти разные белки могут быть поделены на подсемейства. Одно из них, названное класс-III, включает 4-аминобутират аминотрасферазу, которая катализирует перенос аминогруппы от GABA(4-аминобутират) к альфа-кетоглутарату, получая сукцинат семиальдегид и глутамат.
  
  
•   Всего известно 2207 белков с доменом Aminotran_3'.



• Таблица, показывающая таксономическое распределение белков, содержащих домен Aminotran_3
  
  

  Таксон		Количество белков с доменом PF00202.
  Эукариоты	Растения(Viridiplantae)	51
  	Грибы(Fungi)	136
  	Животные(Metazoa)	90
  Прокариоты	Бактерии(Bacteria)	1820
  	Археи(Archaea)	98

  
    Разница объясняется между общим количеством белков (2207) и суммой по таблице (2195), тем что имеются таксоны, не вошедшие в таблицу, к примеру простейшие и т.д.
  
  
• Домен Aminotran_3 чаще встречается вместе с другими доменами. Случаи его дупликации неизвестны, как и случаи перестановки с другими. Смотри

  Pfam Distinct domain architectures for Aminotran_3.