Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~lilu/Term2/protocol4.html
Дата изменения: Fri Mar 31 15:58:53 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 08:38:14 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Результаты в следующей таблице:
Средний вес замен | Результат |
A, G, S, T | 1,2 |
M, I, V, L | 2,3 |
A, G, S, T и M, I, V, L | -1,685 |
Группа AGST несколько неоднородна по свойствам аминокислотных остатков: аланин и глицин - гидрофобные, серин и треонин - гидрофильные, внутри группы есть отрицательные значения весов замен, в отличие от группы MILV, состоящей из аминокислотных остатков гидрофобного характера.
Средний вес замены между группами отрицателен, т.к. свойства между аминокислотными остатками сильно различаются.
Полные расчеты представлены в таблице
Из базы данных BLOCKS был выбран Block IPB005814. С помощью программы pairs_count.exe была получена таблица с количеством различных пар аминокислот в блоке (процент идентичности 62). На основе полученных данных рассчитаны веса аминокислотных замен для трех аминокислот: A, C, D. Все расчеты представлены в таблице .
Проделана работа, аналогичная с работой в пункте 2, но с 200 блоками. Расчеты преставлены в таблице
пара | по одному блоку | по 200 блокам | по blosum62 |
AA | 3,43 | 0,33 | 4 |
AC | 3,63 | 0,40 | 0 |
AD | -1,03 | 0,15 | -2 |
Как видно из приведенной выше таблицы, определенной закономерности не прослеживается. Очевидно это связано с тем, что 200 блоков не достаточно для установления закономерности.