Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~leushkin/term4/PAL2NAL.html
Дата изменения: Wed Mar 7 09:59:13 2007
Дата индексирования: Tue Oct 2 11:00:08 2012
Кодировка: Windows-1251
pal2nal

четвертый семестр

Сравнение давления эволюции на гены ДНК-полимеразы I и фактора фертильности.

Задание выполнялось на сервере PAL2NAL Программа позволяет по белковому выравниванию создать выравнивание кодирующих областей генов с разбиением на кодоны. После этого уже несложно посчитать число синонимичных и несинонимичных замен, пронормировать эти значения по числу соответствующих сайтов и получить отношение нормированных величин. Для того чтобы получить нужный результат необходимо разрешить программе не учитывать гэпы и стоп-кодоны и добавить опцию вычисления KA и KS.

    Последовательности для исследования:

  • ДНК-полимераза I из Escherichia coli
  • ДНК-полимераза I из Yersinia pestis
  • Фактор фертильности L36552 из Haliotis rufescens
  • Фактор фертильности L36554 Haliotis assimilis

      Выравнивание аминокислотных последовательностей с помощью ClustalX(1.83):

  • Выравнивание ДНК-полимераз: 77% идентичности, 86% сходства.
  • Выравнивание факторов фертильности: 75% идентичности, 90% сходства.

      Результаты PAL2NAL:

  • Кодонное выравнивание ДНК-полимераз
    Кодонное выравнивание факторов фертильности
  • KA и KS для ДНК-полимераз
    KA и KS для факторов фертильности Как и следовало ожидать, отношение KA/KS для гена ДНК-полимеразы много меньше единицы — 0.0331, а для фактора фертильности очень велико — 6.4390. Это связано с тем, что ДНК-полимераза I необходима для правильного протекания процесса транскрипции (заметьте, что ее репаративная функция снижает риск замен во всех остальных генах). Белки ответственные за размножение наоборот должны постоянно меняться, иначе бы эволюция шла во много раз медленнее. Отсюда и такой сильный положительный отбор.

    ©Леушкин Евгений.