Пространственная конфигурация белка

Данная страница посвящена описанию общей формы белка CYSTEINE DESULFURASE, оценке его размеров.

Рисунок 1, "Бумеранг" Рисунок 2, "инь и янь"

Белок имеет сложную форму, которую трудно сравнить с чем-то конкретным. По структуре он состоит из двух симметричных цепей, прилегающих друг к другу наиболее крупными частями. Это делает пространственную конфигурацию белка похожей на 2 капли воды, скрепленные самыми широкими областями. По форме в проекции на плоскость (как на рисунке 1) можно сказать, что белок напоминает бумеранг. А на рисунке 2 шариковая модель белка немного похожа на известный символ "инь и янь". Теперь попробуем оценить размеры молекулы. Расстояние между самыми удаленными группами атомов примерно равно 112,09 А (GLN392A.CB-GLN392B.CB). По двум другим измерениям трехмерного пространства расстояния составляют около 56,71 А (ASP143B.OD2-GLU21B.OE) и 61,04 А (GLN194A.OE1-LYS221B.CE) (расстояния считались программой RasMol, но они не могут быть абсолютно точными, т.к самые удаленные атомы выбирались на глаз). Таким образом, приблизительный размер молекулы по 3 измерениям можно считать равным 112.09*56.71*61.04 А (тут используем еще одно допущение для измерения пространственных размеров - считаем выбранные оси перпендикулярными, тогда как на самом деле могут иметь место небольшие отклонения). Для некоторых вычислений белок может быть удобно аппроксимировать сферой радиусом, равным половине длины большего расстояния между атомами, то есть ~56 А. Объем такого шара будет примерно равен 735596 ангстремам кубическим. А вот если молекулу аппроксимировать прямоугольным параллелепипедом по указанным выше измерениям, то получим объем 387090 ангстрем кубических, то есть почти в два раза меньше. Вычисление же точного объема молекулы очень трудоемко, поэтому для некоторых (приблеженных) вычислений допустимо использовать объемы фигур, которыми аппроксимируется молекула.

Главная страница
К работам первого семестра