Задание 7. SCOP и CATH

1.SCOP.

Мой белок - Екотин (PDB-код: 1ECY) имеет простую доменную структуру,включающую лишь

всего один домен, относящийся к единственной цепи белка - цепи А.

Домен занимает всю цепь белка(1-142).

Сколько семейств содержится в данном суперсемействе? Ответ: это единственное семейство в данном суперсемействе.

Сколько суперсемейств имеет данную укладку? Ответ: такую укладку имеет только это суперсемейство.

Данные,приведеные по белку 1ESJ.(взят с последующего курса):

Как казалось, этот белок тоже имеет один домен.

Сколько семейств содержится в данном суперсемействе? Ответ: 5 семейств.

Сколько суперсемейств имеет данную укладку? Ответ: 3 суперсемейства.

Данные,приведеные по белку 1G6C.(взят с последующего курса)

Можно сказать везет находить однодоменные белки!

Сколько семейств содержится в данном суперсемействе? Ответ: 1 семейство.

Сколько суперсемейств имеет данную укладку? Ответ: 33 суперсемейства.

2.CATH.

В структуре один домен, ID-код которого - 1ecyA00.

Домен занимает всю цепь.

Последовательность домена:

>pdb|1ecyA00
AESVQPLEKIAPYPQAEKGMKRQVIQLTPQEDESTLKVELLIGQTLEVDCNLHRLGGKLENKTLEGWGYDYYVFDKVSSP
VSTMMACPDGKKEKKFVTAYLGDAGMLRYNSKLPIVVYTPDNVDVKYRVWKAEEKIDNAVVR

Классификация по CATH : 2.60.40.550.1.1.1.2.4

Суперсемейство названия не имеет, но известно,что в нем всего одно семейство.

Данную топологию имеют 87 суперсемейств.

Данные,приведеные по белку 1ESJ.

Единственный домен в структуре:

Классификация: 3.40.1190.20.3.1.1.1.1

Данную топологию имеют 2 суперсемейства.

В данное суперсемейство входит 23 семейства.

Данные,приведеные по белку 1G6C.

Классификация: 3.20.20.70.18.1.1.2.1

Данное суперсемейство имеет 99 семейств.

Данной топологией обладает 28 суперсемейств.

3.Сравнение данных SCOP и CATH:

1)1ECY

Как SCOP, так и CATH однозначно определяют положение домена:

Не возникает сомнений и разногласий в том, что это белок бета типа и имеет организацию сэндвич.

Кстати, в БД SCOP подробнее говорится об

"устройстве" этого сэндвича, нежели в CATH.

Суперсемейство и семейство определены в обеих БД однозначно.

Одноименное название носят как суперсемейство,так и семейство: Екотин, ингибитор трипсина.

2)1ESJ

Как SCOP, так и CATH достаточно однозначно определяют положение домена, хотя и с небольшим смещением.

По поводу организации обе БД говорят о том, что это a/b/a - модель.

Причем опять же, в БД SCOP куда больше говорится о строении этой модели, чем в CATH.

Далее их данные расходятся. Причем,как по названиям семейств и суперсеместв,

если эти названия имеются, так и по количеству,скажем,семейств в суперсемействе,

которому принадлежит белок.

3)1G6C

Как SCOP, так и CATH достаточно однозначно определяют положение домена,со смещением в один остаток.

Опять же обе БД дают вполне одинаковую информацию о строении белка, но классифицируют,

то есть названия и семейств, и супересемейтв различны. И как следствие эти суперсемейства

имеют различный по количеству состав семейств.

4. Построение выравнивания

Я решила взять для вырнивания домен белка 1G6C из суперсемейства альдолаз первого класса

и белок 2EBN из сеперсемейства гликозидаз.

Оба суперсемейства обладают одной топологией по CATH.

Сведения о доменной структуре 2EBN:

Проведем выравнивание доменов с помощью программы Align:

Показатель RMS такого выравнивания: RMS = 12.617 (138 to 138 atoms).

И это заметно. Выравнивание можно считать недостоверным.

Проведем выравнивание спомощью программы Super.

Оно имеет RMS = 7.424, этот показатель, конечно, значительно ниже,

но нужно отметить, что и совмещение шло всего по 61 атому.

Чтобы получить данное изображение были использованы следующие команды:

create ob1, 2ebn and chain a

create ob2, 1g6c and chain a

select set1, ob1 and name ca and resi 5-289

select set2, ob2 and name ca and resi 2-227

super set1, set2

show cartoon.

Несмотря на одинаковую топологию, тот факт,

что белки и их домены относят к разным суперсемействам говорит о том,

что их сравнение их путем совмещения не всегда имеет смысл.