Задание 10. Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены

1.Поверхности контактов.

Для анализа взят белок - пуриновый супрессор - 2PUB.

Чтобы проводить такое исследование необходимо пользоваться информацией о структуре

биологической единице, запись о которой можно получить с сервера PDBe.

1) Поверхность контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной модели

мономера

Изображение двух мономеров, цепи A и D, контактирующую поверхность которых

необходимо показать.

Изображена контактирующая поверхность цепи А.

Команды,необходимые для создания контакта:

2) Поверхность контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели

части белка, вовлеченной в контакт

Желтым изображена контактирующая с ДНК поверхность цепи D, белым - контактирующая с

ДНК поверхность цепи А.

Цепи A и D изображены в остовной модели.

Команды,необходимые для создания контакта:

3)Поверхность контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали

В проволочной модели изображены цепи ДНК: В и С.

Команды,необходимые для создания контакта:

2. Площадь контакта мономеров белка

С помощью сервиса PROTORP была найдена площадь поверхности контакта мономеров белка - 2562.18 A2.

(Для этого необходимо воспользоваться Option 3)

Отметим,что 44.38% этой площади приходится на гидрофобные взаимодействия

(доля площади, приходящаяся на неполярные атомы).

Реультат выдачи:

3. Гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров белка записи 2PUB

Воспользуемся сервером CluD, чтобы определить гидрофобные кластеры.

(Наш параметр - кластер содержит не менее 10 атомов)

Был получен следующий файл с атомами. Но он содержал кластеры, состоящие и из меньшего

числа атомов,нежели было указано в запросе.

Поэтому вручную были удалены кластеры, включающие в себя меньшее число атомов.

Список кластеров.

Изображение, что в упр. 1а, но где поверхность, относящаяся к атомам, входящим в найденные

гидрофобные кластеры,выделена различными цветами:

Всего таких гидрофобных кластеров оказалось 6.

3. Доменная структура белков

Определим доменную структуру с помощью сервера pDomains.

Как видно, все методы однозначно определи нахождение единственного домена, чего и следовало ожидать.

В качестве интересного примера выбрала белок 1ESJ.

Результаты обработки:

Результаты по цепи А:

По данным результатам можно понять,что вся цепь А представляет собой единый домен.

Результаты по цепи В:

Здесь уже другая картина. Хотя в целом методы выделили один домен, все же метод DHcL определил

немного иначе. Но достаточно странным образом, потому что по его данным в цепи В

присутствует 2 домена, которые следуют непосредственно друг за другом.

Вероятно, мы не можем доверять такому анализу,

и скорее всего в цепи В находится в действительности 1 домен.

Результаты по цепи С:

Методы показали одинаковые результаты, за исключением того, что метод PUU находит что есть некая

последовательность, не принадлежащая домену.

Посмотрев какие данные представляет БД Pfam можно увидеть, что белок представляет собой тример,

домены которого идентичны.

Рассмотрим теперь доменную структуру белка 2PUB:

=) Сложно было подобрать пример интересней, чем этот =)

Результаты по цепи А:

Различными методами было предположено различное количество доменов.

О том,что цепи А только один домен свидетельствует запись метода DDomain, что два различных

домена - SCOP, и что три различных - все остальные предложенные методы.

Рассмотрим изображения, полученные по этим данным:

Этот вариант мне кажется самым маловероятным.

Все-таки кажется, что в цепи А присутствует три домена.

Этот вариант предположительно самый адекватный.

(изображение получено по данным CATH, однако лишь набольшими сдвигами оно отличается от данных NCBI и PUU ).

О трех доменах свидетельствуют записи pdp и dp. Соответствующая им картина представлена ниже: