Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~lelik/set4.html
Дата изменения: Mon May 31 01:00:02 2004 Дата индексирования: Mon Oct 1 21:41:26 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Описание
свойств ARAC_ECOLI
в производных базах данных
Prosite
представляет собой базу данных для поиска мотивов в аминокислотных
последовательностях. Поиск осуществляется по паттернам (что является наиболее
'устаревшим' способом поиска, чем использованием матрицы HMM, которая является
более современным способом,использующимся в Pfam),а также по правилам и при
помощи профилей (построенных на основе матриц PSSM,и этот способ является самым
современным способом при работе с Prosite). Pfam является базой данных для
поиска структурных и функциональных доменов в последовательностях белков. Поиск
осуществляется при помощи профилей HMM. InterPro представляет собой базу
данных-совокупность Pfam и Prosite. InterPro является базой данных семейств
белков, доменов и функциональных сайтов,мотивов в изученных белках, и
полученные данные могут быть применены к неизученным последовательностям белков.
Задание:
1) Найти известные мотивы в последовательности, используя Prosite.
2) Придумать последовательность, идеально удовлетворяющую одному из паттернов.
3) Найти домены в белке при помощи Pfam, описать домены.
4) Изучить свойства первой записи, полученной с помощью InterPro, при поиске
доменов в белке.