Второй семестр

Программы построения глобального и локального выравнивания

Подготовила три файла с аминокислотными последовательностями в FASTA формате:
   – myprot.fasta — аминокислотная последовательность моего белка;
   – secondprot.fasta — последовательность одного из белков-гомологов
   – thirdprot.fasta — искусственно созданная последовательность, склеенная из двух небольших (12 букв каждый) участков аминокислотной последовательности моего белка.

Задания выполнила на сервере kodomo-count.cmm.msu.ru.

Выравнивание последовательностей со схожей функцией (возможных гомологов)

• Построила глобальное выравнивание последовательностей из myprot.fasta и secondprot.fasta с помощью программы needle. Результат в файле 1to2.needle
• Построила локальное выравнивание последовательностей из myprot.fasta и secondprot.fasta с помощью программы water. Результат в файле 1to2.water
• Сравнила полученные выравнивания.
• Наблюдения: программы одинаково выровнили последовательности.
• Identity= 92.1% Gaps: 1/643

Выравнивание последовательностей, содержащих общие участки

• Построила глобальное выравнивание последовательностей из myprot.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы needle. Результат в файле 1to3.needle.
• Построила локальное выравнивание последовательностей из myprot.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы water. Результат в файле 1to3.water
• Построила локальное выравнивание последовательностей из myprot.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы matcher с выводом трех наилучших вариантов. Результат в файле 1to3.matcher
• Сравнила полученные выравнивания.
• Наблюдения: Программа water не стала рассматривать первые 2 аминокислотных остатка, т.к. приведен вес выравнивания только небольшого участка последовательности, на котором наблюдается наилучшее совпадение. Water выдает результат, совпадающий с первым у matcher (это наилучшее выравнивание). Cлучайные совапдения поднимают вес выравнивания и продлевают его. Программа needle рассматривает всю последовательность, поэтому
  Identity= 2.2%
  Gaps: 619/643.
  Для сравнения в water Identity= 66.7%
  Gaps: 0/21
  Программа matcher выдала 3 варианта выравнивания, Получилось, что у 2-ого варианта (верного) Identity= 100%, 3-ее выравнивание получилось неудачным.

Параметры программ построения выравниваний

Построила глобальные выравнивания последовательностей из myprot.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы needle при разных значениях параметра штрафа за открытие гэпа.

• Наблюдения: полученные выравнивания получились абсолютно разным:
• в первом выравнивании 1to3_1_1.needle
• Identity= 2,6%
• Gaps: 627/647
• во втором выравнивании 1to3_5_1.needle
• Identity= 2,2%
• Gaps: 619/643
• в третьем выравнивании 1to3_10_1.needle
• Identity= 2,3%
• Gaps: 619/643
• Процент сходства уменьшается при увеличении штрафа за начло гэпа,(2.6%; 2.3%; 2.2%) соответственно, качество выравнивания увеличивается.

Карта локального сходства