Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~kuzzia/doc/matriza.doc Дата изменения: Fri Dec 10 17:52:38 2004 Дата индексирования: Tue Oct 2 07:00:42 2012 Кодировка: koi8-r

Определение эволюционного расстояния между нуклеотидными
последовательностями
Истинные расстояния в моей модели: число точечных замен на 100 нуклеотидов


|ooo |aaa |bbb |ccc |ddd |eee |fff |ggg |hhh |iii |jjj | |ooo |0 |20 |100
|100 |10 |90 |90 |120 |100 |120 |120 | |aaa |20 |0 |80 |80 |30 |110 |110
|140 |120 |140 |140 | |bbb |100 |80 |0 |160 |110 |190 |190 |220 |200 |220
|220 | |ccc |100 |80 |160 |0 |110 |190 |190 |220 |200 |220 |220 | |ddd |10
|30 |110 |110 |0 |80 |80 |110 |90 |110 |110 | |eee |90 |110 |190 |190 |80
|0 |160 |30 |10 |30 |30 | |fff |90 |110 |190 |190 |80 |160 |0 |190 |170
|190 |190 | |ggg |120 |140 |220 |220 |110 |30 |190 |0 |40 |60 |60 | |hhh
|100 |120 |200 |200 |90 |10 |170 |40 |0 |20 |20 | |iii |120 |140 |220 |220
|110 |30 |190 |60 |20 |0 |40 | |jjj |120 |140 |220 |220 |110 |30 |190 |60
|20 |40 |0 | |











Матрица попарного сходства:
среднее число совпадающих нуклеотидов на 100 позиций
|ddd |ooo |hhh |aaa |jjj |iii |ggg |ccc |eee |bbb |fff | |ddd | 0.00 |
7.19 | 13.98 | 19.28 | 19.80 | 19.87 | 24.98 | 44.26 | 44.00 | 44.78 |
45.66 | |ooo | | 0.00 | 7.32 | 13.43 | 13.66 | 14.11 | 19.93 | 41.56 |
41.33 | 41.92 | 42.34 | |hhh | | | 0.00 | 18.83 | 19.80 | 20.16 | 25.53
| 45.11 | 44.68 | 45.17 | 45.33 | |aaa | | | | 0.00 | 24.07 | 25.24 |
30.15 | 46.96 | 46.86 | 47.67 | 48.49 | |jjj | | | | | 0.00 | 24.94 |
30.34 | 47.38 | 47.22 | 48.13 | 49.11 | |iii | | | | | | 0.00 |
30.44 | 47.64 | 47.19 | 48.75 | 48.59 | |ggg | | | | | | | 0.00 |
49.24 | 49.76 | 50.99 | 51.41 | |ccc | | | | | | | | 0.00 | 61.40
| 60.49 | 60.46 | |eee | | | | | | | | | 0.00 | 59.45 | 60.07 |
|bbb | | | | | | | | | | 0.00 | 60.62 | |fff | | | | | |
| | | | | 0.00 | |
Матрица
попарных расстояний, вычисленных по методу Джукса - Кантора
|ddd |ooo |hhh |aaa |jjj |iii |ggg |ccc |eee |bbb |fff | |ddd |0 |7,56
|15,48 |22,29 |23 |23,08 |30,37 |66,89 |66,26 |68,18 |70,39 | |ooo | |0
|7,7 |14,8 |15,08 |15,64 |23,17 |60,58 |60,07 |61,39 |62,35 | |hhh | |
|0 |21,68 |23 |23,48 |31,21 |68,99 |67,93 |69,15 |69,56 | |aaa | | | |0
|29,02 |30,76 |38,56 |73,79 |73,53 |75,73 |77,99 | |jjj | | | | |0
|30,32 |38,88 |74,93 |74,49 |76,99 |79,76 | |iii | | | | | |0 |39,05
|75,64 |74,4 |78,73 |78,27 | |ggg | | | | | | |0 |80,14 |81,67
|85,43 |86,76 | |ccc | | | | | | | |0 |128,05 |123,19 |123,02 |
|eee | | | | | | | | |0 |117,99 |121,03 | |bbb | | | | | |
| | | |0 |123,86 | |fff | | | | | | | | | | |0 | |


Для определения наиболее целесообразного метода построения
филогенетического дерева последовательностей с такими расстояниями были
построены точечная диаграмма, а также график зависимости расстояний от
разных методов построения дерева.



Диаграммы и комментарии к ним:
[pic]


На этой диаграмме представлена зависимость расстояния между
последовательностями от заданной пары последовательностей. Наибольший
разброс значений расстояний получается при использовании метода Джукса-
Кантора.

Точки каждого распределения образуют "график". Можно сказать, что каждое
распределение (в особенности %id и Jukes-Cantor) можно получить
параллельным переносом по оси ординат, т.е эти величины- пропорциональные.
В четырёх парах значения расстояния, вычисленные по методу Джукса-Кантора,
больше, чем истинные. Это можно объяснить тем, что расчет истинного
расстояния основывается только на количестве прямых замен, а метод Джукса-
Кантора допускает также и обратные замены.


[pic]


Этот график отображает зависимость расстояний между последовательностями,
построенных различными методами от истинного расстояния между ними.


Выводы:

. Из точечной диаграммы видно, что алгоритм Джукса-Кантора более
адаптирован к нашей модели эволюции. Причиной является то, что в нашей
модели эволюции предполагались так называемые обратные замены. Об этом
говорит наличие пар, в которых процент мутаций по отношению к длине
последовательности более 100%. Метод, по которому рассчитывается
среднее число замен, поэтому не адаптирован к нашей модели эволюции.


. Из графика зависимости 2-х оценок расстояния от величины «истинного»
расстояния также видно, что у далёких последовательностей значения
процента идентичности, рассчитанные по методу Джукса-Кантора и
подсчёту среднего числа замен отличаются резче, чему близких
последовательностей. Это подтверждает большую адаптированность
алгоритма Джукса-Кантора.