Глобальное и локальное выравнивание белковых последовательностей.

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~kuzzia/alignment.html
Дата изменения: Wed May 12 10:46:16 2004
Дата индексирования: Tue Oct 2 01:06:48 2012
Кодировка: Windows-1251

Глобальное и локальное выравнивание белковых последовательностей. Глобальное и локальное выравнивание белковых последовательностей.
Работа с программами needle, water, matcher пакета EMBOSS.

Часть 1.Матрица переходов.
а)Глобальное выравнивание.
1. Последовательности, для которых строилась матрица переходов: LQRRD, QRR.
2. Параметры, использовавшиеся при построении матрицы:цена совпадения 2, цена за делецию -2, цена за замену -1.
3. Изображение матрицы переходов глобального выравнивания.
4. Выравнивание, соответствующие оптимальному пути:
  LQRRD
  - QRR -
5. Вес оптимального пути:2.
б)Локальное выравнивание.
1. Последовательности, для которых строилась матрица переходов: MITDSLAVV, ITAVV.
2. Параметры, использовавшиеся при построении матрицы:цена совпадения 2, цена за делецию -2, цена за замену -1.
3. Изображение матрицы переходов локального выравнивания.
4. Выравнивание, соответствующие оптимальному пути:
```
MITDSLAVV
 IT   AVV
```
5. Вес оптимального пути:6, субоптимального пути 4.

Часть 2.Поиск участков локальной гомологии

Последовательности, для которых построено локальное выравнивание при помощи программы matcher

BGAL_ECOLI:

Последовательность из файла file3.txt(искусственно созданная последовательность, которая состоит из двух коротких участков последовательности моего белка):

Координаты двух участков, из которых была построена вторая последовательность - последовательность из файла file3.txt: 1)6-15, 2)1006-1015(все абсолютно совпадающие).
Локальное выравнивание.

          10     
BGAL_E SLAVVLQRRD
       ::::::::::
  seq3 SLAVVLQRRD
               10

        1010     
BGAL_E EFQLSAGRYH
       ::::::::::
  seq3 EFQLSAGRYH
               20

Часть 3. Влияние параметров на глобальное выравнивание

Параметры, при которых выравнивания были построены:
Матрица замены: a)BLOSUM62 b)BLOSUM62
Штраф за открытие гэпа: а)10 b)1
Штраф за продолжение гэпа: а)1 b)1

выравнивание а)needle_62_10_1

BGAL_ECOLI         1 TMITDSLAVVLQRRDWENPGVTQLNRLAAHPPFASWRNSEEARTDRPSQQ     50
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI        51 LRSLNGEWRFAWFPAPEAVPESWLECDLPEADTVVVPSNWQMHGYDAPIY    100
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI       101 TNVTYPITVNPPFVPTENPTGCYSLTFNVDESWLQEGQTRIIFDGVNSAF    150
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI       151 HLWCNGRWVGYGQDSRLPSEFDLSAFLRAGENRLAVMVLRWSDGSYLEDQ    200
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI       201 DMWRMSGIFRDVSLLHKPTTQISDFHVATRFNDDFSRAVLEAEVQMCGEL    250
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI       251 RDYLRVTVSLWQGETQVASGTAPFGGEIIDERGGYADRVTLRLNVENPKL    300
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI       301 WSAEIPNLYRAVVELHTADGTLIEAEACDVGFREVRIENGLLLLNGKPLL    350
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI       351 IRGVNRHEHHPLHGQVMDEQTMVQDILLMKQNNFNAVRCSHYPNHPLWYT    400
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI       401 LCDRYGLYVVDEANIETHGMVPMNRLTDDPRWLPAMSERVTRMVQRDRNH    450
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI       451 PSVIIWSLGNESGHGANHDALYRWIKSVDPSRPVQYEGGGADTTATDIIC    500
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI       501 PMYARVDEDQPFPAVPKWSIKKWLSLPGETRPLILCEYAHAMGNSLGGFA    550
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI       551 KYWQAFRQYPRLQGGFVWDWVDQSLIKYDENGNPWSAYGGDFGDTPNDRQ    600
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI       601 FCMNGLVFADRTPHPALTEAKHQQQFFQFRLSGQTIEVTSEYLFRHSDNE    650
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI       651 LLHWMVALDGKPLASGEVPLDVAPQGKQLIELPELPQPESAGQLWLTVRV    700
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI       701 VQPNATAWSEAGHISAWQQWRLAENLSVTLPAASHAIPHLTTSEMDFCIE    750
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI       751 LGNKRWQFNRQSGFLSQMWIGDKKQLLTPLRDQFTRAPLDNDIGVSEATR    800
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI       801 IDPNAWVERWKAAGHYQAEAALLQCTADTLADAVLITTAHAWQHQGKTLF    850
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI       851 ISRKTYRIDGSGQMAITVDVEVASDTPHPARIGLNCQLAQVAERVNWLGL    900
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI       901 GPQENYPDRLTAACFDRWDLPLSDMYTPYVFPSENGLRCGTRELNYGPHQ    950
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI       951 WRGDFQFNISRYSQQQLMETSHRHLLHAEEGTWLNIDGFHMGIGGDDSWS   1000
                                                                       
seq3               1                                                         0

BGAL_ECOLI      1001 PSVSA------EFQLSAGRYHYQLVWCQK   1023
                      |::.      ||||||||||        
seq3               1  SLAVVLQRRDEFQLSAGRYH             20

выравнивание b)needle_62_1_1

BGAL_ECOLI         1 TMITDSLAVVLQRRDWENPGVTQLNRLAA--HPPFASWRNSEEARTDRPS     48
                          |||||||||| |   . ||:  |.  |                  
seq3               1      SLAVVLQRRD-E---F-QLS--AGRYH                       20

BGAL_ECOLI        49 QQLRSLNGEWRFAWFPAPEAVPESWLECDLPEADTVVVPSNWQMHGYDAP     98
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI        99 IYTNVTYPITVNPPFVPTENPTGCYSLTFNVDESWLQEGQTRIIFDGVNS    148
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI       149 AFHLWCNGRWVGYGQDSRLPSEFDLSAFLRAGENRLAVMVLRWSDGSYLE    198
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI       199 DQDMWRMSGIFRDVSLLHKPTTQISDFHVATRFNDDFSRAVLEAEVQMCG    248
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI       249 ELRDYLRVTVSLWQGETQVASGTAPFGGEIIDERGGYADRVTLRLNVENP    298
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI       299 KLWSAEIPNLYRAVVELHTADGTLIEAEACDVGFREVRIENGLLLLNGKP    348
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI       349 LLIRGVNRHEHHPLHGQVMDEQTMVQDILLMKQNNFNAVRCSHYPNHPLW    398
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI       399 YTLCDRYGLYVVDEANIETHGMVPMNRLTDDPRWLPAMSERVTRMVQRDR    448
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI       449 NHPSVIIWSLGNESGHGANHDALYRWIKSVDPSRPVQYEGGGADTTATDI    498
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI       499 ICPMYARVDEDQPFPAVPKWSIKKWLSLPGETRPLILCEYAHAMGNSLGG    548
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI       549 FAKYWQAFRQYPRLQGGFVWDWVDQSLIKYDENGNPWSAYGGDFGDTPND    598
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI       599 RQFCMNGLVFADRTPHPALTEAKHQQQFFQFRLSGQTIEVTSEYLFRHSD    648
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI       649 NELLHWMVALDGKPLASGEVPLDVAPQGKQLIELPELPQPESAGQLWLTV    698
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI       699 RVVQPNATAWSEAGHISAWQQWRLAENLSVTLPAASHAIPHLTTSEMDFC    748
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI       749 IELGNKRWQFNRQSGFLSQMWIGDKKQLLTPLRDQFTRAPLDNDIGVSEA    798
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI       799 TRIDPNAWVERWKAAGHYQAEAALLQCTADTLADAVLITTAHAWQHQGKT    848
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI       849 LFISRKTYRIDGSGQMAITVDVEVASDTPHPARIGLNCQLAQVAERVNWL    898
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI       899 GLGPQENYPDRLTAACFDRWDLPLSDMYTPYVFPSENGLRCGTRELNYGP    948
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI       949 HQWRGDFQFNISRYSQQQLMETSHRHLLHAEEGTWLNIDGFHMGIGGDDS    998
                                                                       
seq3              21                                                        20

BGAL_ECOLI       999 WSPSVSAEFQLSAGRYHYQLVWCQK   1023
                                              
seq3              21                               20

Cуть отличий и как это связано с соответствующими параметрами:
Во-первых, построенные выравнивания отличаются "участками моего белка", на котором построено глобальное выравнивание с последовательностью из файла
file3.txt.При этом в первом выравнивании были найдены именно те фрагменты
из которых была составлена последовательность из file3.txt. Это объяснить можно тем, что штраф за открытие гэпа в первом выравнивании стоит
большой, следовательно гэпы скомпонованы вместе, при этом меньше замен и больше 100%
совпадений. При этом в первом выравнивании 100% совпадения находятся во второй половине фрагмента
выравнивания. а во втором 100% совпадения- в первой половине фрагмента, причем гэпы
"рассредоточены".

НА ГЛАВНУЮ