на главную страницу
Занятие 3
1. Mopac: оптимизация структуры молекулы порфирина
Молекулу порфирина была получена двумя способами: с помощью простого конвертирования obgen, а также с помощью Mopac с параметром PM6.
предварительно два атома водорода были удалены. На картинке справа obgen, слева Mopac. На изображении видно, что атомы водорода при азотах двух пиррольных колец находятся в общей плоскости, чего не было при получении молекулы obgen.
1. Mopac: возбужденные состояния порфирина и спектр поглощения молекулы
Значения энергий для электронных переходов
STATE ENERGY (EV) Q.N. SPIN SYMMETRY POLARIZATION
ABSOLUTE RELATIVE X Y Z
1+ 0.000000 0.000000 1+ SINGLET ????
2 1.913312 1.913312 1 TRIPLET ????
3 2.266014 2.266014 2 SINGLET ????
4 2.463186 2.463186 2 TRIPLET ????
5 2.823915 2.823915 3 TRIPLET ????
6 3.362161 3.362161 4 TRIPLET ????
7 3.389757 3.389757 3 SINGLET ???? 0.2031 0.2347 0.0010
8 3.669242 3.669242 4 SINGLET ???? 2.3899 2.0438 0.0085
9 3.871323 3.871323 5 SINGLET ???? 1.5461 1.7992 0.0084
The "+" symbol indicates the root used.
Значения энергий для электронных переходов и значения длин волн, при которых эти переходы происходят.
3. Определение геометрии и определение дианиона O=C1C=CC(=O)C=C1
1,4-бензохинон (или парабензохинон, правильнее бензохинол) был геометрически определен с помощью obgen и Mopac. Причем видимых различий нет.
Однако в моделированном с помощью Mopac'a бензохиноне расстояния C1-C2 = 1,50 ангстрем, C2-C3 = 1,33.
А в моделированном с помощью obgen'a 1,48 и 1,34 соответственно.
Казалось бы изменений при генерировании молекулы дианона бензохинона нет, однако длина связи изменилась с 1,21 до 1,29 ангстрем.
4. Тиминовые димеры
Оптимизация заряда 0 TOTAL ENERGY = -3273.58217 EV
Оптимизация заряда +2 TOTAL ENERGY = -3253.90755 EV
Оптимизация результата предыдущей оптимизации при заряде 0 TOTAL ENERGY = -3273.69464 EV
Можно предположить, что переход обратный достаточно невыгодный энергетически потому что дельта (разница) между состояниями увеличилась.
©Джумашев
