|
Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~kropa8848/term2/practice10/Practice10.html
Дата изменения: Sun May 2 01:21:12 2010 Дата индексирования: Sat Jun 26 01:07:44 2010 Кодировка: Windows-1251 |
|
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности | Y-Y-I-S-G-K-A-R-M-T-V-F-A-S-D-G-H-A-R-T-F-N | 1 | да, только введенная последовательность |
| Сильный | Y-[YVM]-[ILT]-[STR]-G-[KQEC]-[AG]-R-[MV]-[TQR]-[VI]-[FV]-[AIGN]-[SGDHF]-[DNEQ]-G-[HTRDN]-[AS]-x(0,1)-[TV]-F-[ND] | 10 | да, плюс еще три последовательности, среди которых два абсолютно идентичных |
| Слабый | Y-[YVM]-[ILT]-[STR]-G-x(2)-R-[MVIL]-[TQRSK]-[AVILG]-[FV]-x(3)-G-{AG}-[AS]-x(0,1)-[TVS]-F-[NDEQ] | 11 | Да, плюс появилась еще одна последовательность |
| Идентификатор документа PROSITE (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Специфична ли подпись? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
| PS00016 | RGD | сайт связывания клетки | паттерн | RGD | неспецифична | 1 |
| PS00005 | PKC_PHOSPHO_SITE | сайт фосфорилирования протеин-киназы C | паттерн | [ST]-x(1)-[RK] | неспецифична | 7 |
| PS00008 | MYRISTYL | сайт N-миристоилирования | паттерн | G-[TL]-x(2)-[NS]-[MI] | неспецифична | 2 |
| PS00006 | CK2_PHOSPHO_SITE | сайт фосфорилирования казеин киназы 2 | паттерн | [ST]-x(2)-[DE] | неспецифична | 8 |
| PS00007 | TYR_PHOSPHO_SITE | сайт фосфорилирования тирозин киназы | паттерн | K-x(3)-E-x(3)-Y | неспецифична | 1 |
| PS00029 | LEUCINE_ZIPPER | Лейцин закрепляющий паттерн | паттерн | L-x(6)-L-x(6)-L-x(6)-L | неспецифична | 1 |
| PS00001 | ASN_GLYCOSYLATION | N-гликолизирующий сайт | паттерн | N-S-T-F | неспецифична | 1 |
| PS00004 | CAMP_PHOSPHO_SITE | сайт фосфорилирования cAMP- и cGMP-зависимых протеин-киназ | паттерн | K-K-x(1)-S | неспецифична | 1 |