Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~ksenia_yashina/projects/moldinam5/moldinam5.html
Дата изменения: Sun Apr 3 18:41:38 2011 Дата индексирования: Sun Feb 3 05:29:03 2013 Кодировка: Windows-1251 |
|
||||
|
1 C помощью скриптов RED на perl были определены точечные заряды:
Был создан файл описания молекулы в формате пакета программ GROMACS. Единица измерения расстояния в GROMACS - нанометр. Имя файла - et.top. В файлах этого типа комментарии находятся после ";".
Моделирование испарения этана: были подготовленны два состояния системы (первое соответствует газовой фазе, где расстояния между молекулами порядка 50 ангстрем, файл; второе соответствует фазе жидкого этана, файл). Было проведено короткое моделирование динамики каждой из этих систем; после этого была определена разница в энергии VdW взаимодействий между системами. Эта разница была сравнена с энтальпией испарения этана (при Т=25 это значение равно 5.4 кДж/моль). epsilon для водорода нам не известна. По аналогии с занятием 4 были созданы 7 топологий с разными значениями epsilon с использованием скрипта make_e.bash. С каждым из 7 созданных файлов топологии была проведена молекулярная динамика для каждой системы (с использованием файла с настройками для динамики md.mdp. В скрипте строчки для расчета: grompp_d -f md -c box_big -p v_${i}.top -o vb_${i} -maxwarn 1 && mdrun_d -deffnm vb_${i} -v grompp_d -f md -c box_38 -p v_${i}.top -o v_${i} -maxwarn 1 && mdrun_d -deffnm v_${i} -vБыл проведен рассчет. Траектории trr была конвертирована в pdb с помощью команды trjconv_d -f v_3 -s v_3 -o v_3.pdbМолекулы всех траекторий, кроме 1, сразу же разлетались (иногда оставались летящие парами молекулы). Однако молекулы на 1 траектории оставались сосредоточены в одной области, а крайние молекулы периодически вырывались из общего "клубка". С помощью утилиты g_energy были посчитаны значения, строки в скрипте echo -e "LJ-(SR)\nCoulomb-(SR)\n0" | g_energy -f -b 10 vb_${i} -o eb_${i} > vb_${i}.txt echo -e "LJ-(SR)\nCoulomb-(SR)\n0" | g_energy -f -b 10 v_${i} -o e_${i} > v_${i}.txtПолученные значения энергий VdW взаимодействий при соответствующих значениях эпсилон находятся в файлах для газа и для жидкости. 4 VdW взаимодействия в газообразном этане очень малы и имеют порядок не более 10^(-4), в жидком этане энергия VdW на 4 порядка и более выше, чем в газообразном. Чтобы воспроизводилась энтальпия испарения, этана epsilon должна лежать в диапазоне от 0.01562 до 0.03703. |