Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~ksenia_yashina/projects/characteristics/pdb_ch.html
Дата изменения: Sun Nov 28 03:18:11 2010 Дата индексирования: Fri Feb 11 09:29:08 2011 Кодировка: Windows-1251 |
![]() |
||||
|
Технические характеристики записи 1bdo.pdbРазрешение структуры - 1.8 ангстремREMARK 2 RESOLUTION. 1.80 ANGSTROMSЧисло рефлексов - 14311 REMARK 3 NUMBER OF REFLECTIONS : 14311Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного) - не указана REMARK 3 COMPLETENESS (WORKING+TEST) (%) : NULLR-фактор - 0.189 REMARK 3 R VALUE (WORKING SET) : 0.189Свободный R-фактор и процент рефлексов, использованных для его вычисления - не указано REMARK 3 FREE R VALUE : NULL REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET SIZE (%) : NULLКристаллографическая группа и тип симметрии - P 21 21 2 REMARK 290 SYMMETRY OPERATORS FOR SPACE GROUP: P 21 21 2Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллической решетки) - 65.460, 37.260, 35.450 Базисные периоды ортогональны, так как указанные углы между ними равны 90 градусам CRYST1 65.460 37.260 35.450 90.00 90.00 90.00 P 21 21 2 4Абсолютная система координат совпадает с депонируемой ORIGX1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 ORIGX3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000Ассимметрическая единица состоит из одной молекулы, в то время как биологическая единица состоит из двух молекул (координаты второй можно получить из координат первой умножением на матрицу 2 и прибавлением вектора 2 REMARK 350 BIOMOLECULE: 1 REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT1 2 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 2 0.000000 -1.000000 0.000000 37.26000 REMARK 350 BIOMT3 2 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000В записи все атомы, кроме атомов из концевого остатка GLU156, имеют коэффициент заполнения 1.00. У 156 остатка, глутаминовой кислоты, есть альтернативная конформация (что можно объяснить ее концевым положением). Атомы с коэффициентом ниже единицы: ATOM 600 C AGLU A 156 7.439 21.703 -22.875 0.52 13.25 C ATOM 601 C BGLU A 156 5.535 19.661 -22.345 0.16 14.33 C ATOM 602 O AGLU A 156 8.016 21.380 -23.932 0.52 16.95 O ATOM 603 O BGLU A 156 4.385 20.062 -22.048 0.16 15.63 O ATOM 604 CB AGLU A 156 5.191 20.778 -22.231 0.52 17.68 C ATOM 605 CB BGLU A 156 7.905 20.338 -22.982 0.16 13.97 C ATOM 606 CG AGLU A 156 4.633 20.246 -23.543 0.52 24.87 C ATOM 607 CG BGLU A 156 8.961 21.419 -22.880 0.16 13.64 C ATOM 608 CD AGLU A 156 3.440 19.338 -23.333 0.52 26.19 C ATOM 609 CD BGLU A 156 10.097 21.208 -23.837 0.16 13.53 C ATOM 610 OE1AGLU A 156 2.380 19.834 -22.889 0.52 27.75 O ATOM 611 OE1BGLU A 156 9.840 21.245 -25.058 0.16 14.93 O ATOM 612 OE2AGLU A 156 3.560 18.119 -23.588 0.52 27.65 O ATOM 613 OE2BGLU A 156 11.244 21.043 -23.374 0.16 12.58 O ATOM 614 OXTAGLU A 156 7.463 22.858 -22.417 0.52 7.40 O ATOM 615 OXTBGLU A 156 5.753 18.529 -22.824 0.16 16.74 OИзображение концевого остатка: ![]() ![]() Слева остаток с подписаннами названиями атомов, справа - он же с подписаными коэффициентами заполнения Вычисление относительных координатДля одного из Сα-атомов были вычислены относительные координаты. Для этого его абсолютные координаты из его описания:ATOM 553 CA GLU A 150 10.413 8.711 -9.234 1.00 7.90 Cбыли преобразованы с помощью матрицы поворота и вектора сдвига: SCALE1 0.015277 0.000000 0.000000 0.00000 SCALE2 0.000000 0.026838 0.000000 0.00000 SCALE3 0.000000 0.000000 0.028209 0.00000 ![]() Ассимметрическая и биологическая единицы записи 2PUEC сервера PDBe были скачаны файлы с биологической и ассимметрической единицами ДНК-белкового комплекса, 2pue_1.pdb и 2pue.pdb соответственно. Затем с помощью PyMOL были созданы изображения:ассимметрическая единица, цепь ДНК и молекула белка: ![]() биологическая единица, двойная цепь ДНК и гомодимер белка: ![]() На обоих изображениях видно, что молекула ДНК изогнута. Однако на изображении биологической единицы белковый димер симметрично подходит к ДНК, и, вероятно, взаимодействие молекул в димере и симметричное взаимодействие каждой из них с ДНК приводит в изгибу. Также отчетливо видно, какие из остатков белка взаимодействуют с большой и малыми бороздками ДНК. На изображении ассимметрической единицы видно взаимодействие мономера белка с одним участком ДНК, и не видна полная картина. Таким образом, в отличие от изучения ассиметрической единицы, изучение биологической дает более полные представления о взаимодействиях белок-белок и ДНК-белок. |