Задание 1.
Работаем с записью 1HO5 банка PDB.Технические характеристики моей записи PDB 1ho5.pdb
| Разрешение | 2.10 Å |
| Число рефлексов | 69235 |
| Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного) | 99.5 |
| R-фактор | 0.238 |
| Свободный R-фактор | 0.279 |
| Количество рефлексов, использованных для вычисления свободного R-фактора | 2116 |
| Процент рефлексов, использованных для вычисления свободного R-фактора | 3.100 |
| Кристаллографическая группа и тип симметрии (P, I, ...) | P 21 21 21 |
| Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллической решетки) | 69.900 , 75.700 , 221.700 |
| Ортогональны ли базисные периоды? | Да |
| Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой (используемой в записи PDB)? | Да |
| Совпадает ли биологическая единица с асимметрической единицей, записанной в файле? Если нет, то в чем разница? | Не совпадает. Асимметрическая единица содержит две биологические единицы в разных конформациях. |
| Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1? Если да, то приведите пример | Нет. |
Задание 2.
Вычисление относительных координат одного из Сα-атомов своего белка.Матрица и вектор преобразования:
SCALE1 0.014306 0.000000 0.000000 0.00000 SCALE2 0.000000 0.013210 0.000000 0.00000 SCALE3 0.000000 0.000000 0.004511 0.00000Возьмем, например, первый атом:
ATOM 2 CA TYR A 26 11.851 31.374 121.070 1.00 24.39 CОтносительные координаты cчитаются умножением матрицы на координаты атома с последующим прибавлением вектора.
Вычисление:
x = (11.851*0.014306 + 31.374*0 + 121.070*0) + 0= 0,169540406
y = (11.851*0 + 31.374*0.013210 + 121.070*0) + 0 = 0,41445054
z = (11.851*0 + 31.374*0 + 121.070*0.004511) + 0 = 0,54614677
Выбранный атом имеет следующие относительные координаты: ( 0,169540406; 0,41445054; 0,54614677).
Задание 3.
С сервера PDBe был получен файл с биологической единицей записи 1QPZ.pdb банка и с асимметрической единицей .В Pymol были получены следующие изображения:
Асимметрическая единица
Биологическая единица
Анализируя только структуру асимметрической единицы, неовозможно получить инфмормацию о том, как взаимодействуют между собой две белковые цепи и как белок связывается с ДНК (поскольку видна только одна из цепей ДНК и одна из цепей белка).