Определение положения фрагмента полной последовательности белка USHA_ECOLI.
При помощи программы Genedoc были выравнены 2 последовательности, одна из которых - короткая последовательность, взятая из таблицы, а вторая - полная последовательность белка USHA_ECOLI. Совпадение участка последовательности белка c другой последовательностью было 100%. Заданный фрагмент соответствует позициям 8-28 в полной последовательности белка USHA_ECOLI.
Изображение было импортировано из GeneDoc. Верхняя часть строк - заданный фрагмент, нижняя - часть последовательности белка USHA_ECOLI. Изображение выравнивания с полной последовательностью белка можно посмотреть здесь.
Выравнивание двух фрагментов
При помощи программы Genedoc были выравнены 2 последовательности: первая длиной 22а.о.(VALALLTTFTLASETALAYEQD), а вторая длиной 23а.о.(LSAAILATLAGCATQPTQEWAAD). После выравнивания образовалось 23 колонки.
Hеобходимо было построить выравнивание с наибольшим весом, т.е. с наиболее правдоподобным расположением элеметов. Вес рассчитывался по формуле: W=M-nG, где M - число совпавших букв, G - штраф за пропуск, равен 2, n - общее число пропусков. В данной задаче вес получился равным 3.
Был посчитан процент идентичности двух выровненных последовательностей (отношение числа колонок, в которых стоят одинаковые буквы, к общему числу колонок, включая "гэповые", умноженное на 100): (5/23)*100%=21,74%.
Поиск первой с N-конца выравнивания "близкородственной" замены а.о.
Для выполнения этого задания была использована таблица BLOSUM62. Близкородственной считалась замена с положительным значением в таблице. ? первой позиции выравнивания, в которой мы наблюдаем близкородственную замену а.о. = 1. V меняется на L, вес данной замены, согласно таблице BLOSUM62 равен 1.
V-это валин (Val), это гидрофобная аминокислота, имеющая формулу (CH3)2CH-CH(NH2)COOH.
L - это лейцин (Leu), это тоже гидрофобная аминокислота, имеющая формулу (CH3)2CH-CH2-CH(NH2)COOH.
Данные аминокислоты отличаются всего на одну группу -CH2- ,а данное отличие почти не влияет на свойства этих аминокислот.
Определение % сходства выравненных фрагментов
Процентом сходства будем считать отношение числа колонок со сходными буквами к общему числу, умноженное на 100%. Сходными буквами будем считать такие, для которых значение элемента матрицы BLOSUM62 положительно. Тогда процент сходства фрагментов равен
9/23*100%=39,13%.
Построение иного выравнивания двух заданных фрагментов с весом не хуже, чем при первом выравнивании
Итак, я построила выравнивание, вес которого также равен 3. Вот оно:
Тогда процент сходства фрагментов в данном случае равен:
11/23*100%=47,83%.
Имеет смысл поменять эти 2 выравнивания местами, так как вес один и тот же, а процент сходства больше во втором случае.