Базы данных Prosite, Pfam и Interpro - содержат информацию об известных доменах, мотивах и других известных функционально важных участках белков.

Prosite содержит относительно короткие паттерны, фиксирующие мотивы функциональных сайтов белков. Возможно использование в работе PSSM-профилей. Предназначена для поиска в последовательностях участков, соответствующих в белке сайтам определенных функций.

Pfam включает в себя перечень известных доменов, входящих в состав белков. Поиск доменов производится с помощью HMM-профилей, которые строятся на основе последовательностей, для которых установлено их соответсвие данному домену. Удобна для изучения доменного состава белков, а также свойств и функций его отдельно взятых доменов.

Interpro - интегрированная база данных, объединяющая информацию из различных баз данных. Может быть использованна при разностороннем изучении свойств и структуры белка.

Цель нашей работы с базами данных: определение доменного состава белка с помощью Pfam, поиск известных мотивов в его последовательности с использованием Prosite и сбор обзорной информации о последовательности на основе ресурсов Interpro.

• Доменная структура
• Мотивы в аминокислотной последовательности
• Данные InterPro