Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~kinta/Term4/protocol5.html
Дата изменения: Thu Mar 29 20:47:38 2007
Дата индексирования: Tue Oct 2 10:07:04 2012
Кодировка: Windows-1251

function назад к четвертому семестру

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO - Дополнительные упражнения

1.) Описание связей между терминами в онтологиях GO

На странице GOA со списком всех терминов GO, ассоциированных с записью P0ABQ4 (белок DYR_ECOLI), были отмечены все термины, далее - View selected terms in context. На открывшемся графе показаны связи между терминами. Примеры конкретных терминов:
1.) термин, имеющий связи более, чем с 2-мя родительскими терминами:

----------->

Т.е. все три процесса (метаболизм карбоновых кислот, метаболизм аминокислот и производных и метаболизм аминов) являются родительскими по отношению к процессу метаболизма аминокислот.
2.) связи типа "is a":

Процесс биосинтеза глицина является частным случаем процесса метаболизма глицина и процесса биосинтеза аминокислот.
3.) связи типа "part of ":

Связь данного типа встречается только на самом верхнем уровне, где показано что биологические процессы и молекулярные функции являются частью GO, т.е., например, белки, ассоциированные с термином биологический процесс входят в состав GO, но не являются обязательным компонентом.

2.) Описание функции белка в БД EcoCyc

На сайте БД EcoCyc было изучено описание функции белка DYR_ECOLI, в результате к таблице в задании 2 на предыдущей странице был добавлен еще один столбец, "Данные EcoCyc".
Запрос в БД EcoCyc выдает информацию кратко, на 1ой странице, для более подробной информации необходимо проходить по ссылкам. В самом начале - summary: общая информация о процессах, в которых участвует белок, выступающий в качестве фермента (дигидрофолатредуктаза). Далее указано, что дигидрофолатредуктаза использовалась в качестве модельной системы для исследования родственных связей между структурой, динамикой и функцией ферментов. Была восстановлена кристаллическая структура, объясняющая конформационные изменения, происходящие в течении каталитического цикла.
Есть общая информация о белке - ген, длина аминокислотной последовательности, молекулярная масса.
Есть ссылки на GO-термины:
GO:0046656 - folic acid biosynthesis
GO:0009257 - 10-formyltetrahydrofolate biosynthesis
GO:0004146 - dihydrofolate reductase activity
Далее указаны особенности каталитической реакции, приведена схема:

В целом, работа с EcoCyc очень удобна, информация хорошо скомпанована и легко воспринимается, много ссылок на другие базы данных, что облегчает поиск дополнительной информации.