Невыравненные последовательности (фрагмент)  |
Выравненные последовательности (фрагмент)  |
| По виду невыравненных последовательностей можно понять, что они гомологичны, так как большие участки многих последовательностей совпадают. А выбиваются этого совпадения лишь некоторые последовательности, имеющие в большинстве случаев такой же участок, который несколько смещен относительно остального большинства последовательностей. Сначала кажется, что в связи с этим пробелов должно быть много. Однако, как показывает выравнивание, достаточно только одного пробела для каждого белка, чтобы из последовательностей получилось верное выравнивание, большинство смещенных участков совпали. Это говорит о близком родстве данных последовательностей. |
Полученное выравнивание  |
| Среди найденных гомологов ( E-value меньше одной тысячной)было мало последовательностей, было только 5 с более-менее подходящим процентом идентичности (43%, 95%, 47%, 59%, 89%).
С этими пятью последовательностями
я и построила выравнивание. Поскольку выбор был невилик, выравнивание получилось не самое достоверное и "красивое". В данном выравнивании очень мало совпавших остатков. Участки, в которых доля консервативных позиций относительна велика, имеют следующие координаты: 162-184, (122-144 по моему белку), 194-225 (151-179), 276-306 (216-246). Есть большие участки, в которых выравнивание недостоверно. Такие участки образовались из-за того, что в какой-либо из последоваательностей произошла большая вставка (это следующие участки: 1-171, 252-275 (204-215), 307-331 (247-258). Но есть и недостоверные участки, в которых имеется просто несовпадение последовательностей ( 19-44 (3-26), 149-161 (109-121)). Наличие такого большого числа недостоверных участков выравнивания указвают на то, что данные последовательности если и гомологичны, то являются очень дальними родственниками. |