|
Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~julia_p/bio_ed.html
Дата изменения: Sun Oct 24 18:41:06 2010 Дата индексирования: Tue Oct 2 00:33:04 2012 Кодировка: Windows-1251 |
| Разрешение | 2.30 A |
| Число рефлексов | 45854 |
| Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного) | 98.3% |
| R-фактор | 0.245 |
| Свободный R-фактор | 0.283 |
| Количесво рефлексов, использованных для вычисления свободного R-фактора | 4632 |
| Процент рефлексов, использованных для вычисления свободного R-фактора | 10.1% |
| Кристаллографическая группа и тип симметрии (P, I, ...) | P 41 21 2 |
| Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллической решетки) | 119.160 119.160 144.300 |
| Ортогональны ли базисные периоды? | да |
| Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой (используемой в записи PDB)? | да |
| Совпадает ли (по данным записи PDB) биологическая единица с ассимметрической единицей, записанной в файле? | нет |
| Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1? (поля ATOM) | нет |
Используемые данные:
Выберем один из Сα-атомов белка 1LI5:
ATOM 2527 CA ALA A 345 70.744 106.192 58.579 1.00 20.81 CЗатем найдем необходимую нам матрицу и вектор преобразований:
SCALE1 0.008392 0.000000 0.000000 0.00000 SCALE2 0.000000 0.008392 0.000000 0.00000 SCALE3 0.000000 0.000000 0.006930 0.00000Относительные координаты вычисляются умножением матрицы на координаты, после этого прибавляется вектор:
Xotn= 70.744*0.008392 = 0.593684 Yotn= 106.192*0.008392 = 0.891163 Zotn= 58.579*0.006930 = 0.405953
Kнопка "Download", строка "Assemblies" в открывающейся таблице.
Асимметрическая единица для записи 1ZAY:
Биологической единица для записи 1ZAY:
Анализируя структуру ассиметрической единицы, невозможно узнать, как белок связывается с ДНК(т.к. есть только одна из цепей ДНК), а также, как взаимодействуют между собой две молекулы белка.