Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~julia270692/term7/crystal.html
Дата изменения: Wed Oct 31 01:53:49 2012
Дата индексирования: Sun Feb 3 03:32:51 2013
Кодировка: Windows-1251
Практикум 2:кристалл, группа симметрий, структурные факторы (Pymol и PDB записи)
Фенилаланин:(плохо вписан в электронную плотность, уровень подрезки=1,5)
2.Кристалл, группы симметрий, структурные факторы
1.Форма кристаллографической ячейки:
Ячейка ортогональна, белок в ее центре.
Параметры ячейки указаны в pdb-файле.
CRYST1 39.639 83.201 95.752 90.00 90.00 90.00 P 21 21 21 8
1)Длины сторон параллелепипеда (в ангстремах)= 39.639, 83.201, 95.752.
2)Углы между сторонами (в градусах)= 90.00, 90.00, 90.00.
3)Тип ячейки (a primitive unit cell) и тип центрирования-P 21 21 21.
4)8-число полипептидных цепей в элементарной ячейке.
2.Изображение окружения белковой молекулы
Для определения количества белковых молекул, с которыми контактирует исходный белок на расстоянии менее 5Å, использовали команду symexp.
Количество соседей:12.
3.Структурные факторы
Файл структурных факторов, содержащий результаты рентгеноструктурного эксперимента:1i6w-sf.cif
В данном файле нет отдельных строк с указанием того,сколько структурных факторов было получено в эксперименте, какая максимальная и минимальная измеренная амплитуда рефлекса.
По расчетам:
Количество структурных факторов:41796
Максимальная измеренная амплитуда рефлекса:2387.600
Минимальная измеренная амплитуда рефлекса:12.800
