Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~julia270692/term3/forms.html
Дата изменения: Thu Oct 7 02:57:42 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 11:57:56 2012
Кодировка: Windows-1251
A- и В- формы ДНК. Структура РНК

A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Задание 1. Построить модели структур A-, B- и Z-формы ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA.

(вид сверху)
A-форма ДНК B-форма ДНК Z-форма ДНК

Задание 2. Средства RasMol для работы со структурами нуклеиновых кислот.

Упр1. Данный скрипт позволяет последовательно выделить:
а) сахарофосфатный остов ДНК;
б) все нуклеотиды;
в) все аденины;
г) атом N7 в первом по последовательности гуанине.

Упр2.Файлы PDB
тРНК
ДНК-белковый комплекс

Упр.3. Проверить заданные структуры ДНК и РНК на наличие разрывов.
И в ДНК, и в РНК разрывы отсутствуют.
РНК
ДНК

Задание 3. Сравнение структур 3-х форм ДНК с помощью средств RasMol.

Упр.1. Большие и малые бороздки.

Гуанин в структуре В-формы ДНК:

G33 Chain:B :

Упр.2. Сравнить основные спиральные параметры разных форм ДНК.
 A-формаB-форма*Z-форма
Тип спирали (правая или левая) праваяправаялевая
Шаг спирали (Å) 28,5233,7537,28
Число оснований на виток 121011
Ширина большой бороздки 16,97
T31B.P-G13A.P
17,46
T23B.02P-A14A.01P
18,30
C12B.P-C4A.P
Ширина малой бороздки 7,28
T23B.01P-T11A.01P
10,90
A26B.01P-T19A.01P
8,68
G9A.P-G17B.01P

Упр.3. Сравнить торсионные углы в структурах А- и В-форм.
Торсионные углы для гуанина α β γ δ ε ξ χ
А-форма
Презентация
-62 173 52 88 или 3 178 -50 -160
А-форма
RasMol
64.06 174.79 -74.85 79.04 -147.77 -75.06 -157.21
B-форма
Презентация
-63 171 54 123 или 131 155 -90 -117
B-форма
RasMol
85.87 136.38 -88.16 -92.80 105.85 28.61 62.13

Задание 4. Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA.

Определение торсионных углов нуклеотидов
Углы α β γ δ ε ξ χ
А-форма -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
B-форма -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
Z-форма -139.5
или
52.0
-136.7
или
179.0
50.8
или
-173.8
137.6
или
94.9
-103.6
или
-96.5
-64.8
или
81.9
-154.3
или
58.7

Для тРНК: значения торсионных углов тРНК
Для ДНК: команды find_pair и analyze не проводят операции с файлом dna0.pdb,т.к. error: unknown residue DT 4001 on chain A.

Номера нуклеотидов,образующих стебли в заданной структуре тРНК:
Акцепторный стебель:501-507 и комплементарный ему участок 572-566
D-стебель:510-513 и 525-522
T-стебель:549-553 и 565-561
Антикодоновый стебель:538-544 и 532-526
Неканонические пары оснований в структуре тРНК:
G2-U71
A38-C32
A44-G26
Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру (комплементарные пары, не имеющие отношения к стеблям):5 водородных связей
Стекинг-взаимодействия:большая площадь перекрывания 2x последовательных пар азотистых оснований AC/GC(section 21)
Cтекинг-взаимодействие оснований А544-G526/C525-G510:

Главная страница
Страница третьего семестра


© Naraykina Yulya,2010