Выполнение заданий

Получили заданный фрагмент генома Yersinia mollaretii длины 7000 нуклеотидов из 
записи EMBL AALD01000003 с помощью команды: 

seqret embl:AALD01000003 -sask. Указали начало фрагмента - 7001, а конец - 14000. 

Полный протеом E. coli получили командой: 

seqret sw:*_Ecoli.

Создали индексные файлы для поиска программами пакета BLAST, используя команду: 

formatdb -i 3mg1_ecoli.fasta -p T -n eco. 

Извлекили из полученного файла aald01000003.fasta трансляции всех открытых рамок считывания длиной 
не менее 240 нуклеотидов. Использовали стандартный для бактерий (bacterial) генетический код, открытой 
рамкой считали последовательность, начинающуюся со старт-кодона и заканчивающуюся стоп-кодоном. 

Итого получили всего 19 открытых рамок. 

 

Для поиска сходных последовательностей у E. coli использовали программу blastp, так как нужно было найти гомологов 
белковой последвательности по банку белковых последовательностей у E.Coli. Использовали команду: 

 

Чтобы извлечь данные о числе сходных последовательностей для каждой открытой рамки считывания , 

В таблице приведена информация для тех рамок считывания, для которых нашлась хотя бы одна сходная последовательность: 


 name			Начало	Конец	Направление	Число находок	ID E.coli	E-value
>AALD01000003_2 	1802	2383	прямое			1	GRPE_ECOLI	2,00E-57
>AALD01000003_3 	3395	3874	прямое			5	GRCA_ECOLI	3,00E-58
>AALD01000003_6 	5432	6190	прямое			2	YFIC_ECOLI	2,00E-62
>AALD01000003_8 	6991	6281	обратное		3	NADB_ECOLI	9,00E-118
>AALD01000003_11	5314	3992	обратное		9	SRMB_ECOLI	0
>AALD01000003_14	3192	2458	обратное		1	UNG_ECOLI	2,00E-100
>AALD01000003_17	1692	805	обратное		1	PPNK_ECOLI	2,00E-140
>AALD01000003_19	823	2	обратное		1	RECN_ECOLI	3,00E-95

Схематическое изображение положения на фрагменте тех открытых рамок, для которых нашлись сходные последовательности в E. coli. 
Гипотетические гены во фрагменте 7001-14000 записи AALD01000003

3'--[<= recN, 2-823[<= ppnK, 805-1692]]-----[<=ung,2458-3192]-----[<= srmB, 3992-5314]----[<= nadB, 6281-6991]---------------------------5'
5'--------------------------------------[grpE, 1802-2383=>]----[grcA, 3395-3874=>]----[yfiC, 5432-6190=>]-----------------------------------------------3'

Гены, гомологичные им в геноме кишечной палочки (фрагмент 2710000-2751500):

3'-------[<= yfiC, 2710049-2710786]------------------------------[<= grcA, 2714088-2714471]----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[<= grdE, 2748137-2748730]---------------------------5'
5'--[=> nadB, 2708442-2710064]--[=> srmB, 2710918-2712252]----------[=> ung, 2714776-2715465]-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------[=> ppnK, 2748853-2749731[=> recN, 2749717-2751478]----------3'


Порядок следования генов сохраняется, меняются местами цепи, а вот расстояния сохраняются не везде. 
Точнее только в двух местах: между генами nadB и srmB и их предсказанными гомологами, а так же совпадает 
перекрывание между генами ppnK и recN и их предсказанными гомологами.