Занятие 5.Предсказание генов в участке генома бактерии

1.Я выбрала программу blastx потому,что мы ищем в определенной последовательности (фрагмент генома бактерии Yersinia intermedia) белки, похожие на данный (Salmonella typhimurium), т.е. в белке ищем НК. И она часто используется на первом этапе анализа новых нуклеотидных последовательностей для предсказания кодирующих участков.

2.Программа выдала 10 выравниваний.

Sequences producing significant alignments	Score(bits)	E-Value
Q8ZPT9 Q8ZPT9_SALTY Kinase-like protein.	630	0.0
Q8ZPQ6 Q8ZPQ6_SALTY Putative Na+-dicarboxylate symporter.	315	2e-86
Q8ZQF3 Q8ZQF3_SALTY Putative aminidase.	248	2e-66
Q8ZPT8 Q8ZPT8_SALTY LexA regulated gene.	246	8e-66
P50334 DCTA_SALTY Aerobic C4-dicarboxylate transport protein.	96	1e-20
Q8ZKE9 Q8ZKE9_SALTY DAACS family glutamate:aspartate symport pro...	90	1e-18
P30013 AMPD_SALTY Protein ampD.	82	4e-16
Q8ZNZ7 Q8ZNZ7_SALTY Putative IclR family transcriptional repressor.	77	9e-15
Q8ZQ33 Q8ZQ33_SALTY Putative outer membrane protein.	50	9e-07
P0A1U8 YIIY_SALTY Hypothetical protein yiiY precursor.	46	2e-05

Для схемы я выбрала белки, выделенные курсивом.

Гипотетические гены во фрагменте 175001-179000

      3'-----------------------------------------------------[<= ген Q8ZPT9,1459-2847]---[<= ген Q8ZPT8,3131-3613]--[<= ген Q8ZQ33,3897-3998]--5'

      5'-[=> ген Q8ZNZ7, 1-150 ]----[=>ген Q8ZQF3,577-1332]------------------------------------------------------------------------------------3'  
Для фрагмента 2673-1516 еще дан белок Q8ZPQ6, для 2646-1489 P50334, для 2643-1498 Q8ZKE9.
С помощью одного запроса в SRS установила связь с EMBL, и оказалось,что большинство 
генов находятся в разных секторах(т.е. далеко друг от друга),но 2 (Q8ZPT9 и Q8ZPT8)- в одном секторе,т.е. сохраняют свое положение
EMBL:AE008737 ген Q8ZQF3 56184..57014 
EMBL:AE008749 ген Q8ZQ33 6805..7497 
EMBL:AE008757 ген Q8ZPT9 complement(11725..13116),ген Q8ZPT8 complement(13253..13852) 
EMBL:AE008782 ген Q8ZNZ7 complement(2261..3052)

3.Я использовала команды

seqret /home/export/samba/public/tmp/AALF01000001.embl -sask
formatdb -i salty_proteome.fasta -p T -n salty
blastall -p blastx -d salty -i my.fasta -o saltyaalf.blastx -e 0.001

Назад.