Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~jane_tikhonova/term2/task2.html
Дата изменения: Wed May 28 16:34:46 2008
Дата индексирования: Tue Oct 2 13:22:44 2012
Кодировка: Windows-1251
Поисковые системы

Поисковые системы


Cравнение видов записей в MRS, SRS и ExPASy

Все три вида достаточно схожи. Есть небольшие различия в оформлении ссылок на базы данных - в ExPASy они упорядочены по категориям. При описании особенностей вторичной структуры - базы даннх используют таблицу, но нагляднее всего это сделано в SRS, где дополнительно сделана карта с расположением элементов на последовательности. Есть так же небольшие отличия в представлении аминокислотной последовательности.

Индексы SRS

  • Названия таксонов начинаются на "gam"
    gambusia
    gammaherpesvirinae
    gammapapillomavirus
    gammaproteobacteria
    gammaretrovirus
    gammaridea
  • Английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии" - gammaproteobacteria
  • Записей описывающих белки из гамма-протеобактерий в SwissProt - 79494.

Запросы к банку SwissProt, призванные найти белки гамма-протеобактерий, выполняющих функцию, сходную с функцией белка RPIA_Ecoli

Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
Ribose-5-phosphate isomerase A ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & ((([swissprot-Description:Ribose-5-phosphate] & [swissprot-Description:isomerase]) & [swissprot-Description:A]) | [swissprot-Description:Ribose-5-phosphate isomerase A])) 123
EC 5.3.1.6 ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & [swissprot-Description:5.3.1.6]) 124
Phosphoriboisomerase A ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & (([swissprot-Description:Phosphoriboisomerase] & [swissprot-Description:A]) | [swissprot-Description:Phosphoriboisomerase A])) 123

Сохранение в формате fasta результатов поиска.

Файл с последовательностями


©Евгения Тихонова