 |
Занятие 1. Введение в PyMOL.
- С помощью команды get_pdb 1kmy на kodomo-count была получена запись
1KMY банка PDB. В ней
содержится информация о структуре 2,3-дигидроксибифенил 1,2-диоксигеназы.
В программе-визуализаторе PyMOL посредством следующих команд был определен ион, присутствующий в структуре:
show sphere, het
hide nonbonded
hide everything, symbol c
hide everything, symbol n+o
Таким образом на экране остался только ион железа (Fe2+).
Чтобы показать и сохранить как изображение окрестность иона, включая все остатки и лиганды, которые
образуют с ионом координационные связи (иначе говоря, хотя бы один из их атомов должен находиться на расстоянии менее 3.5 ангстрем
от иона железа), были введены следующие команды:
show sticks, byres symbol fe around 3.5
set sphere_scale, 0.3, symbol fe
ray
png 1kmy.png
Как видно из картинки ион железа образует координационные связи с двумя гистидинами (HIS146 и HIS210),
глутаминовой кислотой (GLU260), а также с лигандом бифенил-2,3-диолом (BPY).
- Работа в PyMOL с различными PDB-файлами.
- Структура в записи
1GTO была расшифрована в 1996 году
с разрешением 1,82 ангстрем. По заданию надо изучить участок цепи C с 75 по 100 остатки.
Однако в данном файле нет такого участка! Цепь C начинается со 101 остатка.
- Структура в записи
1DLP была расшифрована в 1999 году
с разрешением 3,30 ангстрем. Согласно записи остаток 136 цепи А - это аспарагин, однако он имеет странную форму:
С атом при остовной карбоксильной группе оказывается связан с остовным N атомом этого же остатка, а СВ атом
с OD1 и ND2, что не соответствует реальной структуре аспарагина. Такая же проблема и у 167 остатка цепи С -
аргинина. Его остовный атом N связан с С атомом.
В поле REMARK (REMARK 480) есть запись об остатках, чьи местоположение и свойства не заслуживают доверия.
В этот список входят и ASN136 цепи А, и ARG167 цепи С. Также в REMARK есть информация, что ASN136 содержит псевдо-плоскость.
Ниже представлен скрипт для PyMOL, результатом работы которого станет изображение
в графическом окне, иллюстрирующее задание с 1DLP.
cd H:\Term5\Practice1
load 1DLP.pdb
hide nonbonded
hide lines
show sticks, a/136/
show sticks, c/167/
ray
png 1dlp.png
|
|
|
|