Задание 1. Построение выравнивания аминокислотных последовательностей на основе пространственного наложения структур белков.
Мне были выданы последовательности двух фрагментов белков в fasta формате:

>19                                               
FDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAEAIHYIGDLVQRTEVELLKTPNLGKK
SLTEIKDVLASRGLSLGMRLENWPPASIADE                   
>20                                               
EQEEELDLPLEELGLSTRVLHSLKEEGIESVRALLALNLKDLKNIPGIGE
RSLEEIKEALEKKGFTLKE    

а также пространственное наложение структур данных фрагментов (файл 19_20.pdb)
Изображение наложения было импортировано из RasMol. Синим цветом изображена "цепь" A (последовательность второго фрагмента), красным - "цепь" С (последовательность первого фрагмента), обе "цепи" в остовной модели; все Сα-атомы обозначены шариками небольшого размера.

Для лучшего понимания я также сохранила следующие изображения наложения.
При помощи GeneDoc я построила выравнивание аминокислотных последовательностей, соответствующее данному пространственному наложению структур:

Из данного выравнивания видно, что несмотря на то, что некоторые части последовательностей друг на друга не накладываются (например, 1-8, 38-50 позиции моего выравнивания), их пространственная структура схожа, и, скорее всего, расхождения связаны с гибкостью данных участков. Следовательно, можно сказать, что данные последовательности совпадают практически полностью. Очевидных петлей найдено не было.
Выравнивание было сохранено в формате msf: 19_20.msf

Задание 2. Построение выравнивание этих же последовательностей программой needle, сравнение своего выравнивания с автоматически полученным и оценка качества работы автоматического выравнивания в данном случае.
При помощи программы needle я получила следующее выравнивание этих фрагментов:

Данное выравнивание было сохранено в формате msf : 19_20needle.msf
При сравнении полученных выравниваний можно сказать, что в данном случае выравнивание, сделанное программой needle, является достаточно точным с биологической точки зрения, т.к. при пространственном наложении явных петель найдено не было, и, таким образом, основная часть последовательностей совпала в обоих выравниваниях.