Качество структуры: PROCHECK, EDS, PDB_REDO

Программа PROCHECK

Для структуры 1J2R была запущена программа PROCHECK (со страницы базы данных PDBSum).

Карта Рамачандрана для структуры 1J2R

На карте красным показаны предпочитаемые области, темно-коричневым - дополнительные позволенные области, светло-коричневым - условно допускаемые области, белым - запрещенные. Голубые квадратики соответствуют остаткам (отличным от Gly и Pro), попавшим в предпочитаемые области, голубыми треугольниками - остатки Gly и Pro. На картинке отсутствуют красные квадратики, обозначающие остатки, попавшие в запрещенные или условно-допускаемые области. Для данной структуры 91% остатков, отличных от Gly и Pro, попали в предпочитаемые области, и 9% - в дополнительные позволенные. Это говорит о высоком качестве структуры.

Сервер EDS

По данным сервера EDS для структуры 1J2R следующие остатки имеют большой Z-score по RSR:

12Met, 199Leu цепи А (RSR: 0.291 и 0.186)
15Leu, 16Asn, 17Ala, 18Lys, 199Leu цепи B (RSR: 0.371, 0.253, 0.277, 0.214, 0.160)
199Leu цепи С (RSR=0.154)
12Met, 100Ala, 101Leu, 104Thr, 105Asp цепи В (RSR: 0.304, 0.183, 0.144, 0.179, 0.319)

Для рассмотрения был выбран остаток 12Met цепи A:

Распределение электронной плотности вокруг остатка:

На картинке изображена электронная плотность уровня 0.5, но даже этот уровень не очень хорошо описывает расположение атомов остатка. RSR этого остатка равно 0.291, real-space correlation coefficient = 0.611, Z-score RSR = 5.011710. Такие значения величин для этого остатка можно объяснить тем, что он концевой.

Гиперссылка "PDB_REDO" сервера EDS

Для структуры 1J2R была проведена оптимизация структуры с помощью "PDB_REDO". После полной оптимизации все R-values (R, R-free,σR-free, R-free Z-score) улучшились (уменьшились). Ухучшились только следующие характеристики: соответствие предпочтительным областям карты Рамачандрана, конформация остова, общее число перекрываний ("bumps"). RMS Z-score для длин связей и углов увеличился, но остался в пределах единицы. Улучшилось качество упаковки структуры, соответствие хи1/хи2 ротамеров норме, увеличилось число водородных всязей. Вообщем можно говорить о том, что структура улучшилась после оптимизации.

2010 ^©