Поисковые системы

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~is_rusinov/projects/Banks/SRS.html
Дата изменения: Tue Mar 3 20:47:02 2009
Дата индексирования: Tue Oct 2 18:48:14 2012
Кодировка: Windows-1251

Поисковые системы

Сравнение поисковых систем SRS, MRS и поисковой системы Uniprot

В "дружественных отображениях" результатов поиска можно выделить следующие положительные моменты:

SRS: наглядное и удобное описание статей, а так же возможность просмотреть последовательность белка в разных форматах.

MRS: легче ориентироваться на странице за счет простоты дизайна, интересное представление поля features - при наведении курсора на пункт, подчеркивается соответствующий фрагмент последовательности (или выделяется при нажатии).

UniProt: распознает ссылки на статьи в поле features, в названии страницы непосредственно название найденного белка.

Таксоны, встречающиеся в полe Taxonomy банка Swiss-Prot, начинающиеся на "gam"

Название таксона	Число находок	Таксон
gambusia	1	род
gammaherpesvirinae	191	подсемейство
gammapapillomavirus	30	род
*gammaproteobacteria*	*83513*	*класс*
gammaretrovirus	116	род
gammaridea	1	подотряд

Белки с похожими функциями

Для поиска белков гамма-протеобактерий, выполняющих функцию, сходную с YECD_ECOLI, использовались следующие запросы:

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
isochorismatase	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & [swissprot-Description:isochorismatase])	12
hydrolase	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & [swissprot-Description:hydrolase])	1224
hydrolase	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & [swissprot-Keywords:hydrolase])	10750
isochorismate hydrolase	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & [swissprot-AllText:isochorismate] & [swissprot-AllText:hydrolase])	8

Файл в fasta-формате с последовательностями, найденными по первому запросу

Дополнительные задания

1. Про белок YECD_ECOLI в банке PubMed не ни одной статьи за последние 3 года.
Запрос: ([medline-Year#2006:2009] & (([medline-Abstract:protein] & [medline-Abstract:yecd]) | [medline-Abstract:protein yecd])).
Найдено статей: 0.
Запрос: ([medline-Year#2006:2009] & [medline-Abstract: yecd]).
Найдено статей: 1 (но не про белок YECD_ECOLI).

2. Большая часть статей А.А. Нейфаха была посвящена нуклеиновым кислотам, в частности РНК. Объектом исследований часто были морские организмы.
Запрос: ([medline-Year#1970:1979] & [medline-Authors:Nfakh,A.A.]).
Найдено статей: 27.