Программы выравнивания последовательностей пакета EMBOSS

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~is_rusinov/projects/Alignment/pAln.html
Дата изменения: Fri Mar 27 16:59:25 2009
Дата индексирования: Sun Apr 5 19:41:00 2009
Кодировка: Windows-1251

Командная строка Linux

Программы построения выравниваний использовались в операционной системе Linux.

Команда	Описание
ls	Просмотр содержимого активной директории
ls ..	Просмотр содержимого директории, содержащей активную
cd	Делает активной поддиректорию
cd ..	Делает активной директорию, содержащую активную на данный момент
pwd	Просмотр пути от корневой, до активной директории
more	Просмотр содержимого файла
seqret sw:p00000 -auto	Скачивает файл в формате fasta с последовательностью белка (AC: p00000) с помощью программы seqret
entret sw:p00000 -auto	Скачивает файл банка UniProt с описанием белка (AC: p00000) с помощью программы entret
history	Выводит историю введенных команд

Построение оптимальных глобальных и локальных выравниваний 2-х последовательностей

Были построенны выравнивания последовательностей белков YECD_ECOLI и Y2499_AGRT5. Выравнивания строились программами "Needle" и "Water" с помощью следующих команд:

needle x.fasta y.fasta z.needle -auto	Создает файл z.needle с выравниванием последовательностей из файлов x.fasta и y.fasta с автоматически определяемыми штрафами за гэпы (за вставление гэпа - 10, за удлинение 0.5)
needle x.fasta y.fasta z.needle	Создает файл z.needle с выравниванием последовательностей из файлов x.fasta и y.fasta, но о размерах штрафов нужно будет ввести самостоятельно
needle x.fasta y.fasta z.msf -aformat msf	Создает файл z.msf с выравниванием последовательностей из файлов x.fasta и y.fasta

Для программы "Water" команды аналогичные.

Были получены следующие выравнивания:
глобальное выравнивание с автоматическим размером штрафов за гэп
глобальное выравнивание с удвоенным размером штрафов за гэп
локальное выравнивание с автоматическим размером штрафов за гэп
локальное выравнивание с удвоенными размером штрафов за гэп
локальное выравнивание с уменьшенным в два раза размером штрафов за гэп

Сравнение получившихся выравниваний

Сравнение выравниваний - это выяснение того, насколько одинаково сопоставление остатков одной последовательности остаткам второй. (сопоставленными остатками назовем остатки одной колонки, вес замены которых положителен по матрице blosum62)

СРАВНЕНИЕ ГЛОБАЛЬНЫХ ВЫРАВНИВАНИЙ

Глобальные выравнивания строились программой "Needle".

На картинке изображены фрагменты выравниваний с автоматическим и с удвоенным размером штрафов за пропуск. Зелеными рамками выделенны позиции первой последовательности, которым в разных глобальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности. Красными рамками отмеченны некоторые позиции первой последовательности, которым в одном выравнивании сопоставлена некоторая позиция второй последовательности, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск. В целом выравнивания получились достаточно похожими (на изображении фрагменты, наиболее сильно отличающиеся друг от друга).

СРАВНЕНИЕ ЛОКАЛЬНЫХ ВЫРАВНИВАНИЙ

Локальные выравнивания строились программой "Water".

Сравнение выравниваний с автоматическим и с удвоенным размером штрафов за пропуск:

На картинке изображены фрагменты выравниваний. Зелеными рамками выделенны позиции первой последовательности, которым в разных глобальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности. Красными рамками отмеченны некоторые позиции первой последовательности, которым в одном выравнивании сопоставлена некоторая позиция второй последовательности, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск. Эти локальные выравнивания идентичны фрагментам глобальных выравниваний с теми же параметрами.

Сравнение выравниваний с автоматическим и с уменьшенным в два раза размером штрафов за пропуск:

На картинке изображены фрагменты выравниваний. Синими рамками выделены полностью идентичные фрагменты. Темно зелеными рамками выделены позиции первой последовательности, которым в разных глобальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности. Красными рамками отмечены некоторые позиции первой последовательности, которым в одном выравнивании сопоставлена некоторая позиция второй последовательности, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск. Нижнее выравнивание содержит слишком много гэпов, поэтому достаточно сильно отличается от всех остальных.