Банк нуклеотидных последовательностей EMBL

Последний проиндексированный в системе SRS релиз EMBL

Последний релиз EMBL был проиндексирован 07 сентября 2009 и содержит 108577013 записей. Список классов ("Data Class") банка EMBL (жирным курсивом выделены не проиндексированные классы):

Так же был получен список разделов банка и количество записей в них:

Ген MICE по записи EMBL с кодом доступа BA000025.

Согласно записи BA000025 число экзонов (кодирующих участков) гена MICE равно 6, длина первого из них равна 75, а последнего - 303 нуклеотида. Длина первого интрона - 3173, последнего - 2153 нуклеотида. Направление экзонов относительно выбранного для записи направления - прямое.

Самый длинный экзон гена MICE человека

Самым длинным является последний экзон гена (303 нуклеотида). Для того, чтобы найти белки, вероятно содержащие участок, закодированный в экзоне, действовал следующим образом:
открыл страницу http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/;
помощью пояснений напротив названия программ выбрал blastx (на вход подаем нуклеотидную и получаем белковую последовательность).

Таким образом были получены 4 записи, из которых правдоподобными показались 2 (E-valueЭ меньше 1) - последовательности А и В, входящие в главный комплекс гистосовместимости (MHC) человека. Последовательность, закодированная в выбранном экзоне (6-89 аминокислотные остатки), отличалась 8ю остатками и 10ю остатками от 344-371 остатков последовательностей В и А соответственно.

Ссылки на записи EMBL в записи YECD_ECOLI (AC: P0ADI7) банка Swiss-Prot

В записи было найдено 5 ссылок на EMBL: AP009048 и BAA15678, U00096 и AAC74937, X53863.

2009 ^©