Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~impbios93/Term3/Practice6/report6.html
Дата изменения: Thu Oct 27 00:57:50 2011 Дата индексирования: Sun Feb 3 05:08:05 2013 Кодировка: Windows-1251 |
Число находок с E-value < 0,001 |
2 |
E-value лучшей находки |
1e-53 |
Название последовательности с лучшей находкой |
|
Координаты лучшей находки (от-до) |
1590426 - 1590944 |
Процент последовательности белка, вошедшей в выравнивание с лучшей находкой |
97.2%=(177-5+1)/178 |
На сайте EBI (http://www.ebi.ac.uk/Tools/)
осуществили поиск AC полученной последовательности в банке "EMBL standard prokaryote".
AP009380 - AC записи нынешнего релиза EMBL, в которую попадает предложенный фрагмент ДНК
координаты этой последовательности согласно аннотации EMBL 597660-597839, она соответствует самойзаписи.
Участок FT, соответствующий этим координатам:
FT CDS 597360..597950 FT /codon_start=1 FT /transl_table=11 FT /locus_tag="PGN_0547" FT /product="dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase" FT /note="similar to dbj|BAD18849.1, percent identity 100.0 in FT 196 aa, BLASTP E(): 5.31e-112; may be cytoplasm protein" FT /note="PG1562" FT /db_xref="GOA:B2RI71" FT /db_xref="InterPro:IPR000888" FT /db_xref="InterPro:IPR011051" FT /db_xref="InterPro:IPR014710" FT /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:B2RI71" FT /protein_id="BAG33066.1" FT /translation="MNFIPTEIPEVVILEPRLFRDDRGYFFESFSRQEIETGIRPINFV FT QDNESASRYGVLRGLHFQKPPHAQSKLVRVVRGCVIDYAVDIRFGSPTFGKYVAVELSD FT TNFRQLFIPRGFAHGFVVLSDEVVFQYKCDNYYAPQSEGAIAWNDSNLDIDWKIPVEDI FT ILSAKDQANPSWTELISSEDFRNLFPYNQDLYE"
Предложенный фрагмент бактериальной ДНК входит в состав гена Porphyromonas gingivalis, экспрессирующегося с обращованием dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase. Направление совпадает.
Число находок с E-value < 0,001 |
1 |
E-value лучшей находки |
2e-26 |
Название последовательности с лучшей находкой |
не указано |
Координаты лучшей находки (от-до) |
1590567 - 1590697 |
Программа выдала 11 последовательностей vs 4 последовательности в случае TBLASTN, но они гораздо короче, и e-value меньше на 20 порядков для лучшей находки. Появилось много низкокачественных коротких
выравниваний, несущих малый смысл.
Отсюда можно заключить, что выравнивание по аминокислотной последовательности гораздо более осмысленно, так как оно вовлекает информацию офункциональной взаимозаменяемости аминокислот, когда же
сравнивание нуклеотидов весьма категорично.