Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~igorek_msu/zachet.doc Дата изменения: Mon Oct 4 19:04:51 2004 Дата индексирования: Tue Oct 2 01:10:14 2012 Кодировка: koi8-r

Зачетное задание ?1
Выполнил студент 201 группы факультета биоинженерии и биоинформатики
Игнатович Игорь Владимирович.

AННОТАЦИЯ

Произведен тщательный анализ структуры фенилаланиновой транспортной
РНК.

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА

тРНК, водородные связи, программа Зукера, пакет 3DNA, Уотнсон-
Криковские пары.

ВВЕДЕНИЕ

Прежде всего, что такое тРНК? тРНК - это органическая макромолекула,
основное назначение которой - «доставлять активированные остатки
аминокислот в рибосому и обеспечивать их включение в синтезирующуюся
белковую цепь в соответствии с программой, записанной генетическим кодом в
матричной, или информационной, РНК (мРНК)»[1]. Известно, что тРНК имеет
вторичную структуру клеверного листа, которая в 3D складывается в L-форму.
Целью данной работы является изучение взаимодействий, за счет которых тРНК
принимает именно эту форму, а не какую-либо еще.
. Идентификационный номер PDB: 1i9v
. Нуклеотидная последовательность:
GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAXAUCUGGAGGUCCUGUGXUCGAUC
CACAGAAUUCGCACCA
. Количество остатков: 76
. Молекулярный вес: 25245
. Организм: Saccharomyces cerevisiae

РЕЗУЛЬТАТЫ:

Схема вторичной структуры:
|[pic] |G - WYBUTOSINE (номер 37) |
| |U - 5-METHYLURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (номер|
| |54) |
| |G-U - неканоническая пара |
| |A A G - антикодон |


Данная вторичная структура была получена при анализе результатов, выданных
при помощи программы find_pair пакета 3DNA:
[pic]
Таблица водородных взаимодействий между нуклеотидами, возможно
отвечающих за образование L-структуры.
[pic]
Вторичная структура, предсказанная программой Зукера
(http://www.bioinfo.rpi.edu/applications/mfold/old/rna/form1.cgi):
[pic]

ОБСУЖДЕНИЕ

Исходя из полученных результатов, можно предположить, что за
образование L-формы отвечают именно петли, а точнее водородные связи между
нуклеотидами в петлях. Так же были замечены водородные связи,
опосредованные молекулой воды и неспиральный стэкинг.
Изображение вторичной структуры, полученное с помощью программы Зукера,
в достаточно полной мере иллюстрирует структуру тРНК. Особенно в местах
наличия спиралей. Показать же остальные взаимодействия можно только самому,
например стрелочками.

СОПРОВОДИТЕЛЬНЫЕ МАТЕРИАЛЫ

В файле 1i9v.spt содержится скрипт для RasMol, позволяющий
визуализировать основные элементы структуры тРНК из PDB записи 1i9v.pdb.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

3D структура tRNA извлечена и записи 1i9v.pdb Protein Data Bank.
Комплементарность пар определена программой find_pair пакета 3DNA.
Результаты обработаны с помощью программы RasMol и mfold.

ЛИТЕРАТУРА

1. О.О.Фаворова, 1998. Строение транспортных РНК и их функция на первом
(предрибосомальном) этапе биосинтеза белков. Соросовский образовательный
журнал, ?11, 71-77 (http://www.pereplet.ru/nauka/Soros/pdf/9811_071.pdf)