Задача - создать выборку белков, выполняющих ту же функцию, что Сукцинат дегидрогеназа, часть А из кишечной палочки (Succinate dehydrogenase, unit A from E.coli) (SdhA)
- Часть 1. Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных последовательностей Swiss-Prot, 15 марта 2004 года (43 релиз).
- Часть 2. Описание процедуры составления выборки
- Часть 3. Описание выборки
| Метка поля(line code) | Запись | |
| Внутренний уникальный постоянный идентификатор документа | AC | P10444; P78282; |
| Стандартное имя последовательности(идентификатор последовательности) | ID | DHSA_ECOLI |
| Название белка, отражающее его функции | DE | Сукцинат дегидрогеназа флавопротеин (Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit) (EC 1.3.99.1) |
| Дата создания документа | DT | 01-март-1989 |
| Дата последнего исправления аннотации | DT | 15-март-2004 (43 релиз) |
| Название организма | OS | Escherichia coli, Escherichia coli O6, Escherichia coli O157:H7 |
| Полное название таксона | OC | Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia |
| Длина последовательности | SQ | 588 |
| Молекулярная масса белка | SQ | 64422 MW |
| Число публикаций, использованных при создании документа | RN | 9 |
| Название журнала с самой свежей публикацией | RL | Mol. Biol. |
| Описание вторичной структуры | FT | Такое описание есть, состоит в описание вторичных структур (спираль, поворт, тяж), и с какого остатка эта структура начинается и каким заканчивается. Например, спираль с 477 по 493 аминокислотный остаток. |
| Что содержит поле комментариев? | CC | Функция, каталитическая активность, в каком цикле участвует, субъединица, к какой семье принадлежит |
| Какие особенности последовательности указаны? | FT | На остатках: 11-25 - связывание с флавин-аденин динуклеотид (его AMP-часть) 45-45-свяывание с флавин-аденин динуклеотид (ковалентная связь) 242-242 - активный центр 258-258 - активный центр 20-22 конфликт с первой статьей в последовательности. |
| Идентификатор файла PDB | DR | 1NEK |
При поиске использовалась поисковая система SRS, веб-сервер: http://srs.ebi.ac.uk. В поле Description писал полное название белка: Succinate dehydrogenase, unit A, в поле Species - название организмов: Escherichia coli, Vibrio cholerae, Bradyrhizobium japonicum, в поле Taxonomy: название таксона: Bacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, Archae, Eukaryota. Для поиска были использованы банки данных UniProt и SwissProt. Собственно, следующая картинка иллюстрирует результаты поиска:
 |
Критерии включаемости последовательности в выборку:
1) совпадают ли функции данного белка и искомого.
2) есть ли белок с данной функцией у данного вида.
| ? | ID | AC | Организм | Таксон |
| 1 | DHSA_ECOLI | P10444 P78282 |
ESCHERICHIA COLI, ESCHERICHIA COLI O6, AND ESCHERICHIA COLI O157:H7 |
BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA |
| 2 | Q9KQB1 | Q9KQB1 | VIBRIO CHOLERAE | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA VIBRIONALES VIBRIONACEAE VIBRIO |
| 3 | O68002 | O68002 | BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM | BACTERIA PROTEOBACTERIA ALPHAPROTEOBACTERIA RHIZOBIALES BRADYRHIZOBIACEAE BRADYRHIZOBIUM |
| 4 | DHSA_BACSU | P08065 | BACILLUS SUBTILIS | BACTERIA FIRMICUTES BACILLALES BACILLACEAE BACILLUS |
| 5 | O54448 | O54448 | BACILLUS PSEUDOFIRMUS | BACTERIA FIRMICUTES BACILLALES BACILLACEAE BACILLUS |
| 6 | Q99UV8 | Q99UV8 | STAPHYLOCOCCUS AUREUS STRAIN MU50 / ATCC 700699 STAPHYLOCOCCUS AUREUS STRAIN N315 STAPHYLOCOCCUS AUREUS STRAIN MW2 |
BACTERIA FIRMICUTES BACILLALES STAPHYLOCOCCUS |
| 7 | DHSA_COXBU | P51054 | COXIELLA BURNETII | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA LEGIONELLALES COXIELLACEAE COXIELLA |
| 8 | DHSA_ECOLI | P10444 P78282 |
ESCHERICHIA COLI, ESCHERICHIA COLI O6, AND ESCHERICHIA COLI O157:H7 |
BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA |
| 9 | DHSA_SALTY | Q8ZQU3 | SALMONELLA TYPHIMURIUM | BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE SALMONELLA |
| 10 | Q8ZYM0 | Q8ZYM0 | PYROBACULUM AEROPHILUM |
ARCHAEA CRENARCHAEOTA THERMOPROTEI THERMOPROTEALES THERMOPROTEACEAE PYROBACULUM |
| 11 | O29576 | O29576 | ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS | ARCHAEA EURYARCHAEOTA ARCHAEOGLOBI ARCHAEOGLOBALES ARCHAEOGLOBACEAE ARCHAEOGLOBUS |
| 12 | O27546 | O27546 | METHANOBACTERIUM THERMOAUTOTROPHICUM |
ARCHAEA EURYARCHAEOTA METHANOBACTERIA METHANOBACTERIALES METHANOBACTERIACEAE METHANOTHERMOBACTER |
| 13 | DHSA_ARATH | 082663 | ARABIDOPSIS THALIANA MOUSE-EAR CRESS |
EUKARYOTA VIRIDIPLANTAE STREPTOPHYTA EMBRYOPHYTA TRACHEOPHYTA SPERMATOPHYTA MAGNOLIOPHYTA EUDICOTYLEDONS CORE EUDICOTS ROSIDS EUROSIDS II BRASSICALES BRASSICACEAE ARABIDOPSIS |
| 14 | DHSA_BOVIN | P31039 Q9TUY8 |
BOS TAURUS BOVINE |
EUKARYOTA METAZOA CHORDATA CRANIATA VERTEBRATA EUTELEOSTOMI MAMMALIA EUTHERIA CETARTIODACTYLA RUMINANTIA PECORA BOVOIDEA BOVIDAE BOVINAE BOS |
| 15 | DHSA_CAEEL | Q09508 Q17616 Q34089 |
DROSOPHILA MELANOGASTER FRUIT FLY |
EUKARYOTA METAZOA ARTHROPODA HEXAPODA INSECTA PTERYGOTA NEOPTERA ENDOPTERYGOTA DIPTERA BRACHYCERA MUSCOMORPHA EPHYDROIDEA DROSOPHILIDAE DROSOPHILA |
Назад
Главная страница