fseqboot all_mut.fasta -test j -auto fdnaml all_mut_j.fseqboot -ttratio 1 -auto fconsense all_mut_j.treefile(сначала получаем реплики для jackknife - анализа (получается файл all_mut_j.fseqboot); затем - реконструкция деревьев алгоритмом максимального правдоподобия; потом - непосредственно получение результатов анализа - файл all_mut_j.fconsense).
Результаты: неукорененное дерево:
+-------------D
+100.0-|
| | +------E
+100.0-| +100.0-|
| | +------F
+------| |
| | +--------------------A
| |
| +---------------------------C
|
+----------------------------------B
Имеющиеся ветви:
Species in order: 1. B 2. C 3. D 4. F 5. E 6. A Set (species in order) How many times out of 100.00 ..**** 100.00 ..***. 100.00 ...**. 100.00 |
В случае проделанного ранее бутстреп-анализа получен тот же набор ветвей с высокими бутстреп-значениями (одинаковая топология, но "частота встречаемости" ветвей отличается ):
Set (species in order) How many times out of 100.00 ..***. 100.00 ..**** 99.00 ...**. 87.00 |
Совпадение результатов подтверждает достоверность топологии реконстр. дерева.
fretree 6 NJ.treefileДалее автоматически выдается предложение ввести какую-нибудь из однобуквенных команд. Необходимо укоренить некое дерево в среднюю точку. Как это сделать? Жмем " ? " - выдается список однобуквенных команд и пояснений к ним:
. Redisplay the same tree again = Redisplay the same tree without/with lengths U Undo the most recent change in the tree W Write tree to a file + Read next tree from file (may blow up if none is there) R Rearrange a tree by moving a node or group O select an Outgroup for the tree M Midpoint root the tree T Transpose immediate branches at a node F Flip (rotate) subtree at a node D Delete or restore nodes B Change or specify the length of a branch N Change or specify the name(s) of tip(s) H Move viewing window to the left J Move viewing window downward K Move viewing window upward L Move viewing window to the right C show only one Clade (subtree) (might be useful if tree is too big) ? Help (this screen) Q (Quit) Exit from program X Exit from program |
,-----------------------------------------3:D
,---------------------------9
! ! ,-------------------------4:E
! `-----------10
-11 `----------------------------5:F
!
! ,---------------------------------------------6:A
`------7
! ,----------1:B
`---------------------------------------8
`----------------------2:C
Полученную скобочную формулу - см. здесь.
fdrawgram -style p nj_1.treefileОпция -style имеет несколько параметров; параметр p соответствует требуемой филограмме:
-style menu [c] Tree style output (Values: c (cladogram
(v-shaped)); p (phenogram (branches are
square)); v (curvogram (branches are 1/4 out
of an ellipse)); e (eurogram (branches
angle outward, then up)); s (swooporam
(branches curve outward then reverse)); o
(circular tree))
|
Вид команды:
fdnamlk -ttratio 1 -hypstate all_mut.fastaна вход программе подается файл, содержащий все 6 мутированных последовательностей - файл all_mut.fasta; отношение транзиций/трансверсий устанавливаем равным 1 ("не природное", а математическое значение); опция -hypstate служит непосредственно для построения предковой последовательности (точнее, предковых последовательностей: в узлах и в корне). Результат - см. здесь (файл содержит выравнивание предковых и мутированных последовательностей; причем последовательности "содержат" консенсусные нуклеотиды).
Последовательность общего предка (кот. в корне) - predok.fasta.
Для сравнения ее с реальной предковой последовательностью (m34277) строится выравнивание. Процент идентичности последовательностей - см. Statistics; Statistics report в GeneDoc - составляет 46%. Процент идентичности невысокий, но сходство 2х последовательностей, естественно, больше, т.к. используются консенсуснве обозначения нуклеотидов.