Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~haaalbert/Term3/Task4.html
Дата изменения: Tue Nov 14 16:49:12 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 09:45:46 2012 Кодировка: Windows-1251 |
На главную страницу третьего семестра
Задача - выбрать тРНК у кишечной палочки (Escherichia coli K-12) (аннотированный геном AC U00096) и найти наиболее похожую на нее последовательность в "родственном" геноме сенной палочки (Bacillus subtilis).
Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка DEOC_ECOLI | L (Leucine) |
Соответствующий кодон в гене deoC | 5'-СUG-3' |
Идеальный антикодон | 5'-CAG-3' |
Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка X, если опираться на генетический код? | 6 |
Сколько разных тРНК для остатка X аннотировано в геноме кишечной палочки? | 3-5(8)* |
Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК: | |
имя гена | leuT |
локализация гена в геноме | 3980629..3980715 |
распознаваемый кодон | CUG |
антикодон | CAG |
Результат поиска всех лейциновых тРНК у Escherichia coli
K-12 16033:FT /note="codons recognized: CUR; anticodon: UAG leucine 45077:FT /note="codons recognized: UUR; anticodon: UAA leucine 74863:FT /note="codons recognized: CUY; anticodon: GAG leucine 89809:FT /note="codon recognized: CUG; anticodon: CAG leucine tRNA1; 100907:FT /note="codons recognized: UUR; anticodon: CAA leucine 103309:FT /note="codon recognized: CUG; anticodon: CAG leucine tRNA1; 103321:FT /note="codon recognized: CUG; anticodon: CAG leucine tRNA1; 103333:FT /note="codon recognized: CUG; anticodon: CAG leucine tRNA1; |
Задача - найти в геноме Bacillus subtilis последовательность, наиболее похожую на последовательность тРНК из E.coli, выбранную в пункте 1. Поиск проведем с помощью 4-х разных программ для быстрого поиска сходных нуклеотидных последовательностей.
Поиск гомологичной т-РНК
Программа | FASTA | BLASTN | MegaBLAST | discontiguous MegaBLAST |
Длина якоря | 6 | 11 | 28 | 21* |
Результаты поиска | ||||
Число находок с E-value < 0,01 | 0 | 3 | 0 | 2 |
Характеристика лучшей находки: | ||||
AC фрагмента аннотированного генома | Z99106 | Z99119 | - | Z99119 |
E-value | 0.73 | 4e-12 | - | 7e-14 |
длина выравнивания | 35 | 65 | - | 68 |
вес выравнивания | 25.7 bits | 65.9 bits (33) | - | 71.9 bits (36) |
координаты в геноме | complement(3412..3477) | complement(159010..159074) | - | complement(159007..159074) |
Аннотация лучшей находки по записи EMBL: | ||||
имя гена | yclG | trnB-Leu1 | - | trnB-Leu1 |
это тРНК? | Нет, это неизвестный белок | Да | - | Да |
это тоже лейциновая тРНК? | - | Да | - | Да |
©Хайруллин Альберт