Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~greyerg/pfam.html
Дата изменения: Fri May 28 02:07:55 2010
Дата индексирования: Mon Oct 1 23:13:18 2012
Кодировка: Windows-1251
Marakhovskaya's page

БД Pfam, InterPro.

I. Исследование доменной структуры конкретного белка.
Структурная организация домена по данным банка Pfam. Белок, DCEA_ECOLI, имеет следующую доменную организацию:

Доменная структура белка DCEA_Ecoli по данным Pfam
Cхема из Pfam:
? Pfam AC Pfam ID Полное название семейства домена
Положение в последовательности белка DCEA_Ecoli Клан
1. PF00282 Pyridoxal_deC Глутамат-декарбоксилаза альфа
фермент, катализирующий декарбоксилировани глутамата до ГАМК 		33-383 Клан PLP_aminotran (CL0061),
содержит 14 сем-ва,
(PFAM ID начинается с DСEA)
2. Выравнивание-затравка seed для N-концевого домена заданного белка в формате msf.

3. Среди восьми различных подписей, найденных в Inter_Pro, включая одну из Pfam и одну незарегестрированную
на сайте, я выбрала ту, которая наименьшая по отношению к белку.

Эта подпись оказалась из Prosite, ее ID на Inter_Pro: IPR021115, эта подпись - паттерн сайта связывания
пиродоксаль-5'-фосфата, активной формы витамина В, являющегося коферментом реакции декарбоксилирования.

Эта подпись, описывает часть домена, описанного Pfam, то есть нельзя сказать, что она пораждает иные
представления о первичной структуре этого белка.
Принципиально иные представления о первичной структуре возможно представляет сгенерированный домен из PfamB.

4.

Белок (PDBID 1xey), содержит один домен(зеленый), который не совпадает со структурным строением и даже разбивает один структурный домен(2).

В структуре есть три бета-складчатых участка, перемежающиеся альфа-спиралями (1,2,3).


II.Исследование эволюции отдельных доменов.


1. Домен содержится в 1225 видах.

Представленность домена PF0282 в организмах разных видов
Таксон
Количество белков с доменом PF0282.
Эукариоты Зеленые растения 11
Грибы 288
Животные 1459
Остальные эукариоты 239
Бактерии 1265
Археи 67

Домен, достаточно широко представлен среди эукариот, архей и бактерий. В часности наибольшее распространение домен получил среди бактерий и животных. Думаю, это связано с нервной деятельностью у животных, которые с помощью декарбоксилазной функции этого домена контролируют количество медиатора в нейронах, а бактерии используют его для переработки белков отмерших организмов, гниения.
3.

Представленность изучаемых доменов в белках Escherichia coli (strain K12)

? PFAM ID Количество белков в Escherichia coli (strain K12)
1. PF00282 2

4.Pyridoxal_deC встречается:

Домен может быть расположен как и с N-конца, так и с C-конца. Последняя перестройка интересна тем, что она составлена из трех кусочков домена. Причем в сумме длина этого кусочного домена превышает обычную его длину(395), из чего можно сделать вывод, что возможно он был получен рекомбинацией.
©Мараховская Александра,2010