A- и В- формы ДНК. Структура РНК.

	A-форма	B-форма	Z-форма
Вид сверху
Вид сбоку

Скрипты для выделения различных атомов и химических групировок ДНК и РНК
1) Cахарофосфатный остов ДНК
2) Все нуклеотиды
3) Все аденины
4) Атом N7 во всех гуанинах и/или только в первом по последовательности

Поиск PDB файлов по данным индификаторам
1EFA (ДНК-белковый комплекс)
1QU2 (тРНК)

Проверка заданных структур ДНК и РНК на наличие разрывов.
ДНК (1EFA)

Разрывов нет.
PНК (1QU2)

Разрывов нет.

III Задание: Сравнение структур 3-х форм ДНК с помощью средств RasMol.
Большая и малая борозка в структуре ДНК


Сравнение параметров разных форм ДНК

	A-форма	B-форма	*Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	Правая	Правая	Левая
Шаг спирали (Å)	28.01	33.75	44.2
Число оснований на виток	12	11	12
Ширина большой бороздки	16.81 T31B.P-C12A.P	17.21 T11A.P-T27B.P	14.37 C18B.P-G9A.P
Ширина малой бороздки	7.98 G13A.P-A22B.P	11.69 C36B.P-G9A.P	8.68 G19B.P-G7A.P

Только ДНК в формате .pdb
Только РНК в формате .pdb

Сравнение торсионных углов в А- и B- формах (для аденина)

Углы	α	β	γ	δ	ε	ξ	χ
А-форма Презентация	-62	173	52	88 или 3	178	-50	-160
А-форма RasMol	-51.70	174.80	41.68	79.14	-149.79	-75.14	22.76
B-форма Презентация	-63	171	54	123 или 131	155	-90	-117
B-форма RasMol	-29.89	136.32	31.17	143.34	-140.77	-160.50	-98.00

IV Задание:Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA.
Определить торсионные углы нуклеотидов

В структурах А-, В- и Z-форм ДНК

Углы	α	β	γ	δ	ε	ξ	χ
А-форма	-51.7	174.8	41.7	79.1	-147.8	-75.1	-157.2
B-форма	-29.9	136.3	31.2	143.3	-140.8	-160.5	-98.0
Z-форма	-139.5 или 52.0	-136.7 или 179.0	50.8 или -173.8	137.6 или 94.9	-103.6 или -96.5	-64.8 или 81.9	-154.3 или 58.7

Во-первых из таблицы можно заметить, что в Z- форме каждый торсионный угол пожет принимать два значения, причем эти значения чередуются между собой. Это это еще одно из отличительных свойств Z- формы. Во-вторых можно увидеть как сильно отличаются углы δ,ξ и χ

В структуре тPНК
Посмотреть на значения торсионных углов тРНК в .txt формате
Сравнивая данные по тРНК и формам ДНК, можно предположить что заданная тРНК похожа на А-форму ДНК

В заданной структуре ДНК
Посмотреть на вычисление средних значений торсионных углов ДНК в .xls формате
Среднее значение углов можно увидеть в желтой рамке (в Exel'е). Среднее арифмитическое угла α почти равно нулю. Из этого стоит предположить, что у этого угла самый большой разброс в значениях.
Я считаю, что самый деформированный нуклеотид под номером 13.

Определить структуру водородных связей.

Номера нуклеотидов образующие стебли.
Акцепторный стебель
5' 1-7 3'
5' 66-72 3'
D-стебель
5' 10-13 3'
5' 22-25 3'
T-стебель
5' 50-53 3'
5' 61-64 3'
Антикодоновый стебель
5' 38-44 3'
5' 26-32 3'

Неканонические пары нуклеотидов тРНК.
В скобках будут указыватся номер основания
u(5)-g(68)
g(49)-u(65)
u(55)-g(18)
u(36)-u(33)
a(38)-c(32)
a(44)-g(26)
g(16)-u(17)

Найти дополнительные водородные связи тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру.
Они есть. Всего водородных связей 30. Из них 21 образуют стебли. Еще 7 являются некомплементырными парыми, хотя 3 из них образуют стебели. Итак число связей стабилизирующих третичнуюю структуру равно 30-21-7+3. Итого 5 водородных связей.
Поиск стекинг-взаимодействий.

Было исследована 12-ая секция. По рисунку видно, что стекинг-взаимодействие скорей всего присутствует (по достаточно большому перекрыванию)

Вернуться на страничку 3 семестра

---

© Сливко-Кольчик