Пакет Pftools

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~gosha-x/term4/pftools.html
Дата изменения: Sun May 22 00:40:13 2011
Дата индексирования: Tue Oct 2 10:26:38 2012
Кодировка: Windows-1251

Пакет Pftools

Начальное выравнивание
Файл msf c выравниванием паттерна

Подготовка файла

Новый файл был получен с помощью команды noreturn

Расчет веса строк

Новый файл был получен с помощью команды pfw
Отличается он от начального тем, что содержит новый вес строк (отличный от 1).

Создание профиля

Был создан профиль с помощью pfmake.

Поиск профилю

Поиск происходил с порогом 3.
Файл был получен с помощью pfsearch

Анализ полученных данных

Файл Excel
На листе "prosite" содержатся 110 белков подсемейства.
Число верных находок ("True positive hits", TP)=110
Число ложных находок ("False positive hits", FP)=1155
Число ненайденных белков подсемейства (ложноотрицательных результатов, "False negatives", FN)=0
Чувствительность TP/(TP+FN)=1
Селективность TP/(TP+FP)=0,0095

Чтобы селективность была 100% нужно поставить порог 10.26

Вернуться на страничку 4 семестра