Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~golikov_v/task42.html
Дата изменения: Mon Mar 15 19:44:55 2010 Дата индексирования: Tue Oct 2 01:28:56 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Укоренение в среднюю точкуДерево, построенное методом neighbor-joining, было укоренено в среднюю точку при помощи программы retree.Скобочная формула дерева была скопирована в файл intree (без расширения). Далее была запущена программа retree: Нажал кнопку Y(подтверждение), затем M (Midpoint root the tree/ Укоренение в среднюю точку). Полученное дерево: Сравним с правильным деревом: Укоренение произошло в ветвь: {VIBFM, VIBCH, SALTY, ECOLI} против {RHIEC, BRAJA, RALPJ, BURCA}. Бетапротеобактерии оказались на одной ветви с Альфа-, а не с Гамма-. Дерево, построенное методом максимальной бережливости, укоренить нельзя, так как этот метод не выдает длин ветвей (не учитывает существование молекулярных часов). Дерево, построенное методом UPGMA, укоренять нет смысла, т.к. UPGMA уже выдает укорененное дерево. Использование аутгруппыВ качестве аутруппы был взят белок семейства энолаз из сенной палочки (Bacillus subtilis, BACSU).Его последовательность была добавлена к файлу с невыровненными последовательностями. proteins.fasta Последовательности были выровнены программой muscle и поданы на вход программе fprotpars. Полученное дерево было обработано программой retree, в качестве аутгруппы был выбран лист BACSU. Результат: Для описания результата отбросим лист BACSU. Укоренение произошло в ветвь: {BURCA, RALPJ} против {ECOLI, SALTY, VIBCH, VIBFM, BRAJA, RHIEC}. На этот раз Альфа- оказались на одной ветви с Гамма- (правильный вариант: Бета- вместе с Гамма-). БутстрэпПрограммой fseqboot было создано 100 бутстрэп-реплик выранивания белков протеобактерийproteins_aligned.fseqboot. По полученным репликам были созданы деревья программой fprotpars proteinsfseqboot.fprotpars. Для создания единого дерева файл с деревьями был подан на вход программе fconsense proteins_aligned.fconsense. Полученное дерево: +------ENO ECOLI +100.0-| | +------ENO SALTY +100.0-| | | +------ENO VIBCH | +-93.5-| +100.0-| +------ENO VIBFM | | | | +------ENO RALPJ +------| +-------100.0-| | | +------ENO BURCA | | | +---------------------------ENO BRAJA | +----------------------------------ENO RHIECРеконструкция филогении улучшилась по сравнению с результатом программы fprotpars. Полученное дерево полностью совпало с правильным деревом! За всю работу это единственное полученное мною правильное дерево! Тривиальные ветви получили 100% поддержки (представлены всегда). Ветви, не получившие большинства: 1. {RHIEC, BRAJA, RALPJ, BURCA, VIBFM} против {VIBCH, SALTY, ECOLI} - не верная, поддержка 4%. 2. {RHIEC, BRAJA, RALPJ, BURCA, VIBCH} против {VIBFM, SALTY, ECOLI} - не верная, поддержка 2,50%. Назад |