Первый семестр

Описание белка бактерии MAA_ECOLI

Скачать результаты исследований на свой ПК

Бактерия Candidatus Pelagibacter

Информация о бактерии
Candidatus Pelagibacter:
Candidatus Pelagibacter ubique являются океанскими углеродистыми бактериями рециркуляции, имеющими один из самых простых и коротких геномов, они принадлежат к группе бактерий, известных как SAR 11, названных из-за их открытия в Саргассовом море. SAR 11 является доминирующей формой жизни в Саргассовом море, где большинство других форм жизни не может выжить. C. Pelagibacter ubique является самым распространенным организмом в морской воде, где она составляет приблизительно 25 % всего планктона. C. Pelagibacter ubique играет ключевую роль в рециркуляции органического углерода, который используется фотосинтетическими морскими водорослями, чтобы воспроизвести большую часть поставки кислорода Земли. Геном состоит из 1 308 759 пар оснований. Генетический анализ указывает, что C. Pelagibacter ubique стала доминирующей формой жизни в океанах в значительной степени, будучи самой простой, а все благодаря ее приспособительным способностям и поддержанию жизнедеятельности при недостатке питательных веществ.

Список литературы:

http://www.ebi.ac.uk/2can/genomes/bacteria/Candidatus_Pelagibacter_ubique.html

http://www.mbari.org/seminars/2005/spring2005/april15_giovannoni.htm

http://www.ebi.ac.uk/integr8/OrganismStatsAction.do?orgProteomeId=21920

Наверх

Состав записи 1OCX банка PDB, а также описание белка

Информация о бактерии
Candidatus Pelagibacter:
HEADER TRANSFERASE 11-FEB-03 1OCX
TITLE E. COLI MALTOSE-O-ACETYLTRANSFERASE
В поле HEADER содержится название класса белка - фермент - трансфераза, дата публикация в PDB (11-FEB-03), идентификатор в PDB 1OCX.
В TITLE - из какого организма белок - ESCHERICHIA COLI, информация о функциях белка (мальтозо-о-ацетил трансфераза), название.
В поле COMPND написано полное название и количество полипептидных цепей (3: A,B и C), то что белок получен генно-инженерным методом,
а так же что у белка нету мутаций, и что он существует в комплексе с триметил свинцом (лиганд).
В поле SEQRES написано, что цепи A, В и С - одинаковые (белок гомотример).
В поле HET сказано, что лиганды - 5 молекул триметил свинца, а также имеется 304 молекулы воды.
В поле HETNAM расшифровано трехбуквенное название лигандов.
В поле FORMUL - брутто-формула лигандов.

Цепь В. Характеристика вторичной структуры:
Количество альфа-спиралей: 12
Количество бета-тяжей: 66
Количество бета-поворотов: 68

Таким образом, перед нами альфа-бета белок (НО преимущественно бета!).

Цепь В:

Наверх

Контакты триметил свинца (лиганд А1184) с белком 1OCX

Контакты триметил свинца (лиганд А1184) с цепью А белка в записи 1OCX:

Идентификаторы остатков, контактирующие (S<5A) c лигандом A1184 (триметил свинцом):
SER 2:A, THR 3:A, GLU 6:A

Изображение остатка 2:А с лигандом A1184:

Наверх

Элемент вторичной структуры и водородные связи

Элемент вторичной структуры белка 1OCX:
Рассмотрим участок 4-9 цепи В.

ЗАКОНОМЕРНОСТЬ:
связи: LYS 5B - ILE 9B
GLU 4B - MET 8B

ПРАВИЛО:
Азот и водород n-ого остатка образуют связь с соответственно кислородом и азотом (n+4)-ого остатка.

Водородные связи на участке 138-153 цепи В.

На 2-ом рисунке красным отмечены альфа-спирали,
желтым - бета-тяжи,
синим - бета-повороты,
белым - участки без определенной структуры.

Наверх

Торсионные углы

Торсионные углы Фи и Пси:
Точечная диаграмма зависимости торсионных углов Фи и Пси, в которой по оси абсцисс откладывается Фи, а по оси ординат - Пси, и углы меняются от -180 градусов до 180 градусов, называется картой Рамачандрана.
Ниже приведены карты Рамачандрана для участка цепи В (4-9) белка 1OCX и для всей цепи

Первая диаграмма показывает торсионные углы для остатков данного элемента 4-9:B. Полученные значения характерны для альфа-структур.
Вторая диаграмма показывает, что белок состоит по большей части из бета-структур, а также значение углов Фи и Пси(верхняя левая часть диаграммы, Пси от 80 до 180, Фи от -40 до -170), и в меньшей части из альфа-спиралей (центр диаграммы, немного левее оси ординат, Пси от -50 до 5, Фи от -50 до -130)
Точки, не принадлежащие данным скоплениям, могут соответствовать глицину.

Наверх