Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~etrangere/progs.html
Дата изменения: Tue Apr 18 18:01:57 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 00:44:55 2012
Кодировка: Windows-1251
Программы выравнивания
На главную страницу второго семестра
Проведены выравнивания последовательностей белков FCTA_ECOLI и FCTA_ECO57 и искусственной последовательности, составленной из 2 коротких участков последовательности FCTA_ECOLI.
1 Выравнивание последовательностей со схожей функцией (возможных гомологов).
Проведены выравнивания с помощью программ needle (алгоритм Нидельмана-Вунша) и water (алгоритм Смита-Ватерманна). Выравнивания последовательностей белков FCTA_ECOLI и FCTA_ECO57, сделанные в программах needle и water, не различаются ничем. Идентичность - 415/416. Сходство - 416/416 (в позиции 288 аспарагиновая кислота заменена на глутаминовую). Из-за такого высокого сходства двух последовательностей глобальное выравнивание не отличается от локального. Выравнивания см. здесь 1to2.needle и 1to2.water.>
2 Выравнивание последовательностей, содержащих общие участки
С помощью тех же программ выравнены последовательности FCTA_ECOLI и искусственная. Программа needle правильно восстановила расположение второго участка, а первый оказался не на своем месте, т.к. между этими участками получился бы очень большой гэп (так сделана искусственная последовательность). Программа water восстановила идентичность первого участка, отбросив второй. 3 выравнивания программы matcher соответствуют отдельно выравненным 1 участку, 2 участку и случайно найденному сходству между склеенными концом первого куска и началом второго и одним из участков исходной последовательности. Таким образом, можно отметить, что осмысленные выравнивания правильно находятся первыми, что не может не радовать. А здесь можно ознакомиться с выравниваниями 1to3.needle - выравнивание программой needle, 1to3.water - выравнивание программой water, 1to3.matcher - выравнивания программой matcher.
3 Параметры программ построения выравниваний
Выравнены последовательности FCTA_ECOLI и искусственная с помощью программы needle с различными параметрами.
При выравнивании с штрафом за открытие гэпа 10 правильно сопоставлен второй участок, первый сопоставлен с случайным участком исходной последовательности, находящимся на расстоянии 2 аминокислотных остатков от второго. Идентичность 12/416, сходство 14/416. Вес выравнивания 45. См. 1to3_10_1.needle.
При выравнивании с штрафом за открытие гэпа 5 выравнивание аналогично.См. 1to3_5_1.needle. Вес выравнивания 50.
При выравнивании с штрафом за открытие гэпа 1 выравнивание изменилось: первый участок сопоставлен правильно, второй сопоставлен с участком исходной последовательности, расположенным на расстоянии 4 остатков от первого. В этот участок вставлено несколько гэпов, так как штраф за открытие гэпа относительно невелик, это не приводит к резкому снижению веса выравнивания. Идентичность 14/420, сходство 15/420. Вес выравнивания 59. Но можно отметить, что с биологической точки зрения это не оптимально, т. к. 4 близко расположенные одиночные делеции (или вставки) маловероятны. В связи с этим, я думаю, разумнее использовать штраф за открытие гэпа 10, соотношение между открытием и расширением должно быть достаточно большим, чтобы алгоритм стремился уменьшить число открываемых гэпов. См. 1to3_1_1.needle.