| Структура и ее цвет на рисунках | α-спирали | β-листы | β-повороты |
| Количество в цепи A | 16 | 14 | 26 |
 |
Данный белок относится к группе α/β, так как его основу составляет весьма правильная фигура KEG. При определении группы белка опустим наличие "хвоста", состоящего из двух α-спиралей и двух β-складок.
|
- α-спираль [280-314]
- Антипараллельные β-тяжи [47-49][52-54]
- Параллельные β-складки [119-124][143-148][181-186]
- β-поворот [50-51]
- Изображения выбранной мной α -спирали в цепи A и отдельно (окрашена в красный цвет)
К сожалению в PDB файле самая длинная α -спираль оказалась состоящей из друх α -спиралей, но всеже исследуем ее свойства
- Водородные связи в α -спирали
- Описание рисунка
Каждый Сn атом подписан номером аминокислотного остатка, которому он принадлежит. Водородные связи представлены в виде красно-синих палочек, соединяющих атомы азота и кислорода. - Паттерн водородных связей H(n,n+3), где n -номер аминкоислотного остатака которому принадлежит атом кислорода, а n+3 - номер аминокислотного остатка, которому принадлежит атом азота. Для крайних цепей также выполняется H(n, n+4)
- Расположение Сβ атомов
Сβ распологаются снаружи мнимого цилиндра, причем большинство атомов направлено к N-концу α-спирали (за исключением атомов 290SER:A.CB и 292GLU:A.CB, которые направлены к С-концу α-спирали, да и то скорее всего этот поворот обусловлен поворотом α-спирали)
| Тип молекулы | Ее цвет и вид |
| N | Участок цепи |
| Cα | Участок тяжа |
| C | Участок тяжа |
| O | Участок цепи |
| Cβ | Шар |
- Параллельная β -структура
- Ленточная модель
- Водородные связи
Тип молекулы Ее цвет и вид N Участок тяжа Cα Участок тяжа C Участок тяжа O Участок тяжа Cβ Шар - Описание рисунка
Каждый Сn атом подписан номером аминокислотного остатка, которому он принадлежит. Водородные связи представлены в виде красно-синих палочек, соединяющих атомы азота и кислорода. - Паттерн водородных связей Водородные связи весьма различны но все же подчиняются последовательностям H(n+2k, m+2k), H(m+2k,n+2+2k), где m - номер аминокислотного остатка, атом кислорода которого участвует в образовании водородной связи, n - номер аминокислотного остатка соседнего параллельного тяжа, атом азота которого участвует в образовании водородной связи с атомом кислорода аминокилотного остатка с номером m, где k принадлежит диапазону [0;3].Также можно заметить, что иногда для ?-тяжей характерна следующая формула - H(n+1,n+3), где n - номер аминокислотного остатка, первая координата определяет местоположение атома азота, вторая - кислорода.
- Расположение Сβ атомов
Сβ распологаются перпендикулярно плоскости структуры, причем происходит чередование направления.
- Описание рисунка
- Ленточная модель
- Водородные связи
Тип молекулы Ее цвет и вид N Участок тяжа Cα Участок тяжа C Участок тяжа O Участок тяжа Cβ Шар - Описание рисунка
Каждый Сn атом подписан номером аминокислотного остатка, которому он принадлежит. Водородные связи представлены в виде красно-синих палочек, соединяющих атомы азота и кислорода. - Паттерн водородных связей К сожалению имелась только одна антипараллельная структура, и она состояла всего из двух β - тяжей. Н о все же водородные связи в β -тяжах следуют последоваетльности H(m-k, n+k), H(n-k, m+k), где n - номер аминокислотного остатка атома азота, а m - положение атома кислорода, а m - положение атома азота, различность букв объясняется тем что водородные связи связывают различные тяжи, k - заданное число
- Расположение Сβ атомов
Сβ распологаются перпендикулярно плоскости структуры, причем происходит чередование направления.
- Описание рисунка
Изображения β -поворота в ленточной, остовной и проволочной моделях показали, что β - поворот равен 180o. Последовательность β - поворота: LIE49 GLY50 GLU51 LEU52. Присутствует 2 связи на антипараллельной β - структуре, скрепляющие поворот. H(52,49) и H(49,52).