Hа Главную
Первый Семестр
Kodomo Home

Исследование аминокислотного состава белка IDI2_Bacsu с помощью программы MS Excel

1. Последовательность белка IDI2_Bacsu в формате FASTA
   >sp|P50740|IDI2_BACSU isopentenyl diphosphate isomerase
   MTRAERKRQHINHALSIGQKRETGLDDITFVHVSLPDLALEQVDISTKIGELSSSSPI
   FINAMTGGGGKLTYEINKSLARAASQAGIPLAVGSQMSALKDPSERLSYEIVRKENPN
   GLIFANLGSEATAAQAKEAVEMIGANALQIHLNVIQEIVMPEGDRSFSGALKRIEQIC
   SRVSVPVIVKEVGFGMSKASAGKLYEAGAAAVDIGGYGGTNFSKIENLRRQRQISFFN
   SWGISTAASLAEIRSEFPASTMIASGGLQDALDVAKAIALGASCTGMAGHFLKALTDS
   GEEGLLEEIQLILEELKLIMTVLGARTIADLQKAPLVIKGETHHWLTERGVNTSSYSVR


2. Длина последовательности - 349 а.о.
   Подробнее см. книгуIDI2_BACSU.xls, лист aa_frequencies


3. Молекулярная масса белка IDH_BACSU - 37175 а.е.м.
   Подробнее см. книгуIDI2_BACSU.xls, лист MW
   Формула: Σ M_{aa mass} - (N_aa - 1) x M_H2O


4. Аминокислотный состав белка IDI2_Bascu

Аминокислота	Частота, %	Выводы
A	11.461	Самые частые аминокислотные остатки: A, G, I, L, S Самые редкие аминокислотные остатки: C, H, P, W, Y Вычисление проведены с помощью функции СЧЕТЕСЛИ Подробнее см. книгу IDI2_BACSU.xls, лист aa_frequencies
C	0.573
D	3.152
E	7.736
F	2.865
G	9.456
H	2.006
I	8.596
K	5.158
L	9.742
M	2.579
N	3.438
P	2.579
Q	4.011
R	4.871
S	9.456
T	4.871
V	5.444
W	0.573
Y	1.433



5. Средний электрический заряд молекулы: 0.5е
   Подробнее cм. книгу IDI2_BACSU.xls, лист Charge
   Формула: Σ(N_{charged aa} x q_{charged aa})


6. Сравнение со средним аминокислотным составом белков Bacillus subtillus, а также с аминокислотным составом мембранных белков этой же бактерии
   
   Вывод: При помощи данного способа белок IDI2_BACSU мы можем отнести к классу немембранных белков
   Подробнее cм. книгу IDI2_BACSU.xls, лист HPhob_comparison


7. Дополнительные Исследования
   1. Построение профиля гидрофобности белка
      Этот способ позволяет проанализировать гидрофобность участков белка.
      Вывод: Профиль гидрофобности показал, что в моем белке почти равносильно присутствуют как гидрофобные, так и гидрофильные участки
      
      Для построения профиля гидрофобности суммируются гидрофобности 20 ближайших а.о., после чего строится график зависимости суммарной гидрофобности группы а.о. от ее номера (номер группы дается по номеру первого а.о.)
      Подробнее cм. книгу IDI2_BACSU.xls, лист HPhob_profile
      
   
   
   2. Построение гистограммы, отображающей отношение количества белков к их длине
      Гистограмма позволит определить сколько белков имеет длину в нужном диапазоне
      Вывод: Мой белок имеет среднюю длину, также он входит в диапазон, который содержит еще 937 белков.
      
      Для построения данной Гистограммы необходимо иметь длины всех белков Bacillus subtilis, после чего построить гистограмму с дипазоном от 100 до 2000
      Подробнее cм. книгу IDI2_BACSU.xls, лист prot_length