Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~empire_paTRol/mm/text/moras.html
Дата изменения: Fri May 25 17:02:16 2012 Дата индексирования: Tue Oct 2 18:20:18 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Hа Главную
Молекулярное моделирование биополимеров
Kodomo Home
![]() | ![]() |
Obgen. Заметно, что ароматическая структура не плоская, не смотря на то, что приходилось вручную удалять 2 водорода. | Mopac; PM6. Порфирин идеально плоский. |
STATE ENERGY (EV) Wavelength (nm) 1+ 0,000000 2 1,914702 647,5378048868 3 2,267035 546,9002155204 4 2,464369 503,1072579197 5 2,826105 438,7104973426 6 3,364596 368,49652383 7 3,392207 365,4971321303 8 3,669208 337,9045096632 9 3,871497 320,248712602
![]() | ![]() |
Cтруктура, полученная obgen, выделена желтым, а Mopac - зеленым. Полученные C-C связи в obgen короче связей в Mopac | Исходная структура выделена красным, измененная - зеленым. При добавлении отрицательных зарядов структра кольца и длина C-O связей искажается |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
Исходная структура тиминового димера. PDB | Оптимизация Morac, заряд 0. E = -3273.58217 EV. PDB | Оптимизация при заряде +2. E = -3253.90755 EV PDB | Оптимизация и возвращение к заряду 0. E = -3273.69464 EV. PDB |