Hа Главную
Молекулярное моделирование биополимеров
Kodomo Home

Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS

1. Подготовка файлов координат и топологии
   Исходными данными являлись файлы box_38.gro и измененный для 1 молекулы et.top
   При подготовке были получены индексные файлы и файлы координат: 1.ndx, et1.gro, et.gro
   
   
2. Параметры контроля температуры:
   
   be.mdp - метод Берендсена для контроля температуры.
   vr.mdp - метод "Velocity rescale" для контроля температуры.
   nh.mdp - метод Нуза-Хувера для контроля температуры.
   an.mdp - метод Андерсена для контроля температуры.
   sd.mdp - метод стохастической молекулярной динамики.
   
   
3. Анализ pdb структур:
   
   et_be.pdb - малые колебания по длине связи + вращение молекулы, при увеличении скорости, амплитуда колебаний уменьшается. Данный термостат врятли обеспечивает постоянную энергию.
   et_vr.pdb - малые колебания и вращение по длине связи.
   et_nh.pdb - малые колебания и вращение по длине связи, амплитуда колебаний не высока.
   et_an.pdb - малые колебания по длинам связей и валентным углам. Молекула не вращается. Система отлично поодходит для низких температур.
   et_sd.pdb - сильные колебания и вращения.
   
   
4. Сравнение потенциальной энергии связи с кинетической энергией:
   
   Средствами Gnuplot построены графики потенциальной энергии связи и кинетической энергии (красным - потенциальная, зеленым - кинетическая), а так же распределения С-С связи.

   et_be.xvg	bond_be.xvg
   et_vr.xvg	bond_vr.xvg
   et_nh.xvg	bond_nh.xvg
   et_an.xvg	bond_an.xvg
   et_sd.xvg	bond_sd.xvg


На распределение больцмана похожи vr и nh, однако nh кажется более правдоподобным, так как vr имеет одтельные точки, выбивающиеся из распределения.