На рисунке изображен остаток фенилаланина (PHE30:A) в шарнирной модели, а так же контактирующие с ним аминокислотные остатки на небольшом расстоянии (3.5 Å)в проволочной модели, контактирующие атомы - в шариковой модели. На рисунке показано расстояние (PHE30:A.CE2-ALA271:A.CB).
На рисунке изображен пример водородной связи, когда и донором, и акцептором водорода являются атомы кислорода. Указанное расстояние на картинке это расстояние между атомами (SER191:A.OG-SER194:A.OG)
На рисунке изображен пример водородной связи, когда и донором, и акцептором водорода являются атомы азота. Указанное расстояние на картинке это расстояние между атомами (ARG246:A.NH2-ARG349:A.NH2)
Т.К. в молекуле белка IDI2_Bacsu отсутствуют дисульфидные мостики, то расмотрим пример данного взаимодействия в молекула белка Crambin. На рисунке представлены аминокислотные остатки цистеинов (CYS4 и CYS32) в шарнирной модели. Отмеченное расстояние это и есть дисульфидный мостик (CYS4.SG и CYS32.SG)